RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000308271.13

USP48-201, Transcript of ubiquitin specific peptidase 48, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene USP48, Length 4,595 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP48-201ENST00000308271 HMGN5P82970 282 aaKnown RBP23.52■■□□□ 1.36
USP48-201ENST00000308271 RUFY2Q8WXA3 655 aa23.52■■□□□ 1.36
USP48-201ENST00000308271 PRPF40AO75400 957 aaKnown RBP23.51■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 MCM2P49736 904 aa23.51■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 ZNF771Q7L3S4 317 aaPredicted RBP23.51■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 BECN2A8MW95 431 aa23.51■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa23.51■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 MINK1Q8N4C8 1332 aaPredicted RBP23.51■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 LMOD2Q6P5Q4 547 aa23.51■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 NKTRP30414 1462 aaKnown RBP23.51■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 LRPPRCP42704 1394 aaKnown RBP23.51■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 NOB1Q9ULX3 412 aaKnown RBP23.49■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 TBC1D2Q9BYX2 928 aa23.49■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 GGNBP2Q9H3C7 697 aa23.49■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP23.48■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 ZSCAN30Q86W11 494 aa23.48■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 ZKSCAN1P17029 563 aaPredicted RBP23.48■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 SMC3Q9UQE7 1217 aa23.48■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 TPM3P06753 285 aa23.48■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 TSR2Q969E8 191 aaKnown RBP23.48■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 PTPRKQ15262 1439 aa23.47■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 DNMBPQ6XZF7 1577 aa23.47■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 H3BQV1 296 aa23.46■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 IFFO2Q5TF58 517 aa23.46■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 CHD1LQ86WJ1 897 aa23.46■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 TSPY26PQ9H489 355 aa23.46■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 RBM10P98175 930 aaKnown RBP23.46■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 UBE2Q2Q8WVN8 375 aa23.45■■□□□ 1.35
USP48-201ENST00000308271 LETM1O95202 739 aaPredicted RBP23.45■■□□□ 1.34
USP48-201ENST00000308271 MLECQ14165 292 aa23.45■■□□□ 1.34
USP48-201ENST00000308271 SF3A1Q15459 793 aaKnown RBP23.44■■□□□ 1.34
USP48-201ENST00000308271 AMPHP49418 695 aa23.44■■□□□ 1.34
USP48-201ENST00000308271 NEK4P51957 841 aa23.44■■□□□ 1.34
USP48-201ENST00000308271 CHMP4CQ96CF2 233 aa23.44■■□□□ 1.34
USP48-201ENST00000308271 RARSP54136 660 aaKnown RBP23.43■■□□□ 1.34
USP48-201ENST00000308271 FAM184AQ8NB25 1140 aa23.43■■□□□ 1.34
USP48-201ENST00000308271 ZNF592Q92610 1267 aa23.43■■□□□ 1.34
USP48-201ENST00000308271 CCDC34Q96HJ3 373 aa23.43■■□□□ 1.34
USP48-201ENST00000308271 CUL7Q14999 1698 aa23.42■■□□□ 1.34
USP48-201ENST00000308271 SLC12A5Q9H2X9 1139 aa23.42■■□□□ 1.34
USP48-201ENST00000308271 VPS37CA5D8V6 355 aaPredicted RBP23.4■■□□□ 1.34
USP48-201ENST00000308271 HMOX1P09601 288 aa23.4■■□□□ 1.34
USP48-201ENST00000308271 ABCF1Q8NE71 845 aaKnown RBP eCLIP23.4■■□□□ 1.34
USP48-201ENST00000308271 SYNJ2O15056 1496 aa23.39■■□□□ 1.34
USP48-201ENST00000308271 ARHGAP5Q13017 1502 aa23.39■■□□□ 1.34
USP48-201ENST00000308271 TBC1D32Q96NH3 1257 aa23.39■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 CABP2Q9NPB3 220 aa23.39■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 CYB5RLQ6IPT4 315 aa23.39■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 ZNF428Q96B54 188 aa23.39■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 IFT57Q9NWB7 429 aa23.39■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 ZSCAN21Q9Y5A6 473 aaPredicted RBP23.38■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 BICD2Q8TD16 824 aa23.38■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 TMEM132EQ6IEE7 984 aa23.38■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 GOLGA6L1Q8N7Z2 621 aa23.38■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 C1orf115Q9H7X2 142 aa23.38■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 CHMP3Q9Y3E7 222 aa23.38■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 SASS6Q6UVJ0 657 aa23.37■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 FKBP5Q13451 457 aaPredicted RBP23.37■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 C8orf34Q49A92 452 aa23.37■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 UQCRHLA0A096LP55 91 aa23.37■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 UQCRHP07919 91 aa23.37■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa23.36■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 PRKAR2BP31323 418 aa23.36■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 A0A0G2JS52 829 aa23.35■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 TWISTNBQ3B726 338 aaPredicted RBP23.35■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 RNF20Q5VTR2 975 aa23.35■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 RNF123Q5XPI4 1314 aa23.35■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 CLCN1P35523 988 aa23.34■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 ERC2O15083 957 aa23.34■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 IGHDP01880 384 aa23.34■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 NGDNQ8NEJ9 315 aaKnown RBP23.34■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 HSP90AB4PQ58FF6 505 aa23.34■■□□□ 1.33
USP48-201ENST00000308271 TMEM57Q8N5G2 664 aa23.32■■□□□ 1.32
USP48-201ENST00000308271 TNPO1Q92973 898 aaKnown RBP23.32■■□□□ 1.32
USP48-201ENST00000308271 PDCL3Q9H2J4 239 aa23.32■■□□□ 1.32
USP48-201ENST00000308271 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa23.31■■□□□ 1.32
USP48-201ENST00000308271 PARD3Q8TEW0 1356 aa23.31■■□□□ 1.32
USP48-201ENST00000308271 BICRAQ9NZM4 1560 aa23.31■■□□□ 1.32
USP48-201ENST00000308271 IFIT2P09913 472 aaKnown RBP23.31■■□□□ 1.32
USP48-201ENST00000308271 RALGAPBQ86X10 1494 aa23.3■■□□□ 1.32
USP48-201ENST00000308271 TEX35Q5T0J7 233 aa23.3■■□□□ 1.32
USP48-201ENST00000308271 GORABQ5T7V8 394 aa23.3■■□□□ 1.32
USP48-201ENST00000308271 GPRASP1Q5JY77 1395 aa23.3■■□□□ 1.32
USP48-201ENST00000308271 GNAI3P08754 354 aa23.3■■□□□ 1.32
USP48-201ENST00000308271 OSCARQ8IYS5 282 aa23.3■■□□□ 1.32
USP48-201ENST00000308271 IQGAP2Q13576 1575 aa23.3■■□□□ 1.32
USP48-201ENST00000308271 NESP48681 1621 aa23.3■■□□□ 1.32
USP48-201ENST00000308271 WDR33Q9C0J8 1336 aaKnown RBP23.3■■□□□ 1.32
USP48-201ENST00000308271 GPS2Q13227 327 aa23.29■■□□□ 1.32
USP48-201ENST00000308271 TSPYL4Q9UJ04 414 aa23.29■■□□□ 1.32
USP48-201ENST00000308271 XRCC6P12956 609 aaKnown RBP eCLIP23.28■■□□□ 1.327e-11■■□□□ 12.1
USP48-201ENST00000308271 AFAP1Q8N556 730 aa23.28■■□□□ 1.32
USP48-201ENST00000308271 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP23.28■■□□□ 1.32
USP48-201ENST00000308271 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP23.27■■□□□ 1.32
USP48-201ENST00000308271 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa23.27■■□□□ 1.32
USP48-201ENST00000308271 TMPOP42166 694 aaKnown RBP23.26■■□□□ 1.31
USP48-201ENST00000308271 HOMER1Q86YM7 354 aa23.26■■□□□ 1.31
USP48-201ENST00000308271 UGGT2Q9NYU1 1516 aa23.26■■□□□ 1.31
USP48-201ENST00000308271 LTV1Q96GA3 475 aaPredicted RBP23.26■■□□□ 1.31
USP48-201ENST00000308271 C9orf78Q9NZ63 289 aaPredicted RBP23.26■■□□□ 1.31
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