RNA–Protein interactions for RNA: Q0140

VAR1, Transcript of Mitochondrial ribosomal protein of the small subunit, yeast

Gene VAR1, Length 1,197 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VAR1	Q0140	RIF1	P29539	1916 aa		-1.27	□□□□□ -2.61
VAR1	Q0140	MBF1	O14467	151 aa	Known RBP	-1.28	□□□□□ -2.61
VAR1	Q0140	TAF14	P35189	244 aa		-1.28	□□□□□ -2.61
VAR1	Q0140	YOR072W	Q08486	104 aa		-1.28	□□□□□ -2.61
VAR1	Q0140	RPS22A	P0C0W1	130 aa	Known RBP	-1.29	□□□□□ -2.62
VAR1	Q0140	YBR121C-A	P0C5L4	52 aa		-1.29	□□□□□ -2.62
VAR1	Q0140	DML1	Q03652	475 aa		-1.29	□□□□□ -2.62
VAR1	Q0140	AVO2	Q04749	426 aa		-1.29	□□□□□ -2.62
VAR1	Q0140	YLR036C	Q07986	203 aa		-1.29	□□□□□ -2.62
VAR1	Q0140	YKL183C-A	Q3E765	70 aa		-1.29	□□□□□ -2.62
VAR1	Q0140	RPS22B	Q3E7Y3	130 aa	Known RBP	-1.29	□□□□□ -2.62
VAR1	Q0140	NTG1	P31378	399 aa		-1.3	□□□□□ -2.62
VAR1	Q0140	RTC3	P38804	111 aa	Predicted RBP	-1.3	□□□□□ -2.62
VAR1	Q0140	RPS29B	P41058	56 aa	Known RBP	-1.3	□□□□□ -2.62
VAR1	Q0140	YNL122C	P53921	115 aa	Predicted RBP	-1.3	□□□□□ -2.62
VAR1	Q0140	ATG41	Q12048	136 aa		-1.3	□□□□□ -2.62
VAR1	Q0140	DAS2	Q12084	232 aa		-1.3	□□□□□ -2.62
VAR1	Q0140	YOR342C	Q12182	319 aa		-1.3	□□□□□ -2.62
VAR1	Q0140	SPS18	P32572	300 aa		-1.31	□□□□□ -2.62
VAR1	Q0140	YMR315W	Q04869	349 aa	Known RBP	-1.32	□□□□□ -2.62
VAR1	Q0140	TAO3	P40468	2376 aa		-1.33	□□□□□ -2.62
VAR1	Q0140	YFL019C	P43576	117 aa		-1.33	□□□□□ -2.62
VAR1	Q0140	BLM10	P43583	2143 aa		-1.34	□□□□□ -2.62
VAR1	Q0140	UBC6	P33296	250 aa	Predicted RBP	-1.34	□□□□□ -2.62
VAR1	Q0140	TDA4	P47153	279 aa		-1.34	□□□□□ -2.62
VAR1	Q0140	ATP20	Q12233	115 aa		-1.34	□□□□□ -2.62
VAR1	Q0140	YCR087C-A	P37263	153 aa		-1.35	□□□□□ -2.63
VAR1	Q0140	SLM6	P38343	150 aa		-1.35	□□□□□ -2.63
VAR1	Q0140	YLR031W	Q07978	186 aa		-1.35	□□□□□ -2.63
VAR1	Q0140	RFC4	P40339	323 aa	Known RBP	-1.36	□□□□□ -2.63
VAR1	Q0140	YRB1	P41920	201 aa	Known RBP	-1.36	□□□□□ -2.63
VAR1	Q0140	HRD1	Q08109	551 aa		-1.36	□□□□□ -2.63
VAR1	Q0140	RRT1	P38192	103 aa		-1.37	□□□□□ -2.63
VAR1	Q0140	NSA2	P40078	261 aa	Known RBP	-1.37	□□□□□ -2.63
VAR1	Q0140	CCC1	P47818	322 aa		-1.37	□□□□□ -2.63
VAR1	Q0140	GRX5	Q02784	150 aa		-1.37	□□□□□ -2.63
VAR1	Q0140	HAP2	P06774	265 aa		-1.38	□□□□□ -2.63
VAR1	Q0140	RPS24A	P0CX31	135 aa	Known RBP	-1.38	□□□□□ -2.63
VAR1	Q0140	RPS24B	P0CX32	135 aa	Known RBP	-1.38	□□□□□ -2.63
VAR1	Q0140	YNL194C	P40169	301 aa		-1.38	□□□□□ -2.63
VAR1	Q0140	YDR157W	A0A023PZE8	133 aa		-1.39	□□□□□ -2.63
VAR1	Q0140	YER085C	P40058	173 aa		-1.39	□□□□□ -2.63
VAR1	Q0140	APS3	P47064	194 aa		-1.39	□□□□□ -2.63
VAR1	Q0140	PRP18	P33411	251 aa	Predicted RBP	-1.4	□□□□□ -2.63
VAR1	Q0140	YRA2	P36036	203 aa	Known RBP RIP-Chip data	-1.4	□□□□□ -2.63	not detected
VAR1	Q0140	VAM10	Q08474	114 aa		-1.4	□□□□□ -2.63
VAR1	Q0140	RFC2	P40348	353 aa		-1.41	□□□□□ -2.64
VAR1	Q0140	SBH1	P52870	82 aa		-1.41	□□□□□ -2.64
VAR1	Q0140	SNF2	P22082	1703 aa		-1.41	□□□□□ -2.64
VAR1	Q0140	YBR027C	P38220	110 aa		-1.42	□□□□□ -2.64
VAR1	Q0140	HTD2	P38790	280 aa	Known RBP	-1.42	□□□□□ -2.64
VAR1	Q0140	YHR140W	P38842	239 aa		-1.42	□□□□□ -2.64
VAR1	Q0140	YOR034C-A	Q3E735	80 aa		-1.42	□□□□□ -2.64
VAR1	Q0140	FMP23	P38231	175 aa		-1.43	□□□□□ -2.64
VAR1	Q0140	TMA22	P47089	198 aa	Predicted RBP	-1.43	□□□□□ -2.64
VAR1	Q0140	NRK1	P53915	240 aa		-1.43	□□□□□ -2.64
VAR1	Q0140	GPI17	Q04080	534 aa		-1.43	□□□□□ -2.64
VAR1	Q0140	YOR381W-A	Q3E804	55 aa		-1.43	□□□□□ -2.64
VAR1	Q0140	STE18	P18852	110 aa		-1.44	□□□□□ -2.64
VAR1	Q0140	ADE1	P27616	306 aa		-1.44	□□□□□ -2.64
VAR1	Q0140	CBT1	P36038	271 aa	Predicted RBP	-1.44	□□□□□ -2.64
VAR1	Q0140	RIM9	Q04734	239 aa		-1.44	□□□□□ -2.64
VAR1	Q0140	RAD17	P48581	401 aa		-1.45	□□□□□ -2.64
VAR1	Q0140	NCB2	Q92317	146 aa		-1.45	□□□□□ -2.64
VAR1	Q0140	MRS1	P07266	363 aa		-1.46	□□□□□ -2.64
VAR1	Q0140	YLR412C-A	Q3E742	68 aa		-1.46	□□□□□ -2.64
VAR1	Q0140	GCY1	P14065	312 aa	Known RBP RIP-Chip data	-1.47	□□□□□ -2.64	not detected
VAR1	Q0140	RTR1	P40084	226 aa	Predicted RBP	-1.47	□□□□□ -2.64
VAR1	Q0140	CWC23	P52868	283 aa	Predicted RBP	-1.47	□□□□□ -2.64
VAR1	Q0140	YDL157C	Q12082	118 aa		-1.47	□□□□□ -2.64
VAR1	Q0140	NHP6B	P11633	99 aa	Known RBP	-1.48	□□□□□ -2.65
VAR1	Q0140	NSG1	P38837	291 aa		-1.48	□□□□□ -2.65
VAR1	Q0140	IKI1	P38874	309 aa		-1.48	□□□□□ -2.65
VAR1	Q0140	TAF2	P23255	1407 aa		-1.49	□□□□□ -2.65
VAR1	Q0140	LAA1	P39526	2014 aa		-1.49	□□□□□ -2.65
VAR1	Q0140	GAL83	Q04739	417 aa		-1.49	□□□□□ -2.65
VAR1	Q0140	RUD3	Q12234	484 aa	Known RBP	-1.5	□□□□□ -2.65
VAR1	Q0140	HSP30	P25619	332 aa		-1.52	□□□□□ -2.65
VAR1	Q0140	RPS25B	P0C0T4	108 aa	Known RBP	-1.53	□□□□□ -2.65
VAR1	Q0140	YNL184C	P53876	108 aa		-1.53	□□□□□ -2.65
VAR1	Q0140	RPS25A	Q3E792	108 aa	Predicted RBP	-1.53	□□□□□ -2.65
VAR1	Q0140	YGR269W	P40326	108 aa		-1.54	□□□□□ -2.66
VAR1	Q0140	OTU1	P43558	301 aa		-1.54	□□□□□ -2.66
VAR1	Q0140	GEP7	P53171	287 aa		-1.54	□□□□□ -2.66
VAR1	Q0140	CDC33	P07260	213 aa	Known RBP	-1.55	□□□□□ -2.66
VAR1	Q0140	YML079W	Q03629	201 aa		-1.55	□□□□□ -2.66
VAR1	Q0140	INO80	P53115	1489 aa		-1.56	□□□□□ -2.66
VAR1	Q0140	URA2	P07259	2214 aa	Known RBP	-1.56	□□□□□ -2.66
VAR1	Q0140	RFA3	P26755	122 aa	Known RBP	-1.56	□□□□□ -2.66
VAR1	Q0140	YMR321C	Q04898	105 aa		-1.56	□□□□□ -2.66
VAR1	Q0140	GLC8	P41818	229 aa		-1.57	□□□□□ -2.66
VAR1	Q0140	PAC10	P48363	199 aa		-1.57	□□□□□ -2.66
VAR1	Q0140	COQ1	P18900	473 aa		-1.58	□□□□□ -2.66
VAR1	Q0140	ATG8	P38182	117 aa	RIP-Chip data	-1.58	□□□□□ -2.66	not detected
VAR1	Q0140	FMN1	Q03778	218 aa		-1.58	□□□□□ -2.66
VAR1	Q0140	MVB12	P42939	101 aa		-1.59	□□□□□ -2.66
VAR1	Q0140	VPS28	Q02767	242 aa		-1.59	□□□□□ -2.66
VAR1	Q0140	GSC2	P40989	1895 aa		-1.6	□□□□□ -2.67
VAR1	Q0140	PGA1	P53896	198 aa		-1.6	□□□□□ -2.67
VAR1	Q0140	YPR127W	Q06494	345 aa		-1.6	□□□□□ -2.67

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