Protein–RNA interactions for Protein: Q08109

HRD1, ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase HRD1, yeastyeast

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Length 551 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (RIP-Chip)
Gene UniProt Accession Gene Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score Detected Interaction
HRD1Q08109 NSR1YGR159C 1245 nt16.89■□□□□ 0.29
HRD1Q08109 YML009W-BYML009W-B 477 nt16.74■□□□□ 0.27
HRD1Q08109 NOP1YDL014W 984 nt16.23■□□□□ 0.19
HRD1Q08109 MDJ1YFL016C 1536 nt15.18■□□□□ 0.02
HRD1Q08109 YKL036CYKL036C 393 nt14.67□□□□□ -0.06
HRD1Q08109 SRX1YKL086W 384 nt14.12□□□□□ -0.15
HRD1Q08109 YJL027CYJL027C 417 nt14.07□□□□□ -0.16
HRD1Q08109 Q0297Q0297 156 nt14.05□□□□□ -0.16
HRD1Q08109 YCR051WYCR051W 669 nt13.4□□□□□ -0.26
HRD1Q08109 DBP2YNL112W 1641 nt13.28□□□□□ -0.28
HRD1Q08109 SCS3YGL126W 1143 nt13.16□□□□□ -0.3
HRD1Q08109 YBR190WYBR190W 312 nt13.07□□□□□ -0.32
HRD1Q08109 TRN1tP(UGG)A 72 nt12.9□□□□□ -0.34
HRD1Q08109 SUF9tP(UGG)F 72 nt12.9□□□□□ -0.34
HRD1Q08109 SUF8tP(UGG)H 72 nt12.9□□□□□ -0.34
HRD1Q08109 tP(UGG)LtP(UGG)L 72 nt12.9□□□□□ -0.34
HRD1Q08109 SUF7tP(UGG)M 72 nt12.9□□□□□ -0.34
HRD1Q08109 tP(UGG)N1tP(UGG)N1 72 nt12.9□□□□□ -0.34
HRD1Q08109 tP(UGG)N2tP(UGG)N2 72 nt12.9□□□□□ -0.34
HRD1Q08109 tP(UGG)O1tP(UGG)O1 72 nt12.9□□□□□ -0.34
HRD1Q08109 SUF11tP(UGG)O2 72 nt12.9□□□□□ -0.34
HRD1Q08109 RTC3YHR087W 336 nt12.8□□□□□ -0.36
HRD1Q08109 CCC1YLR220W 969 nt12.8□□□□□ -0.36
HRD1Q08109 SSA3YBL075C 1950 nt12.77□□□□□ -0.37
HRD1Q08109 YOL085CYOL085C 342 nt12.68□□□□□ -0.38
HRD1Q08109 RPP1BYDL130W 321 nt12.62□□□□□ -0.39
HRD1Q08109 RVS167YDR388W 1449 nt12.58□□□□□ -0.4
HRD1Q08109 PKP1YIL042C 1185 nt12.51□□□□□ -0.41
HRD1Q08109 SCJ1YMR214W 1134 nt12.31□□□□□ -0.44
HRD1Q08109 tP(UGG)O3tP(UGG)O3 72 nt12.13□□□□□ -0.47
HRD1Q08109 PET122YER153C 765 nt12.05□□□□□ -0.48
HRD1Q08109 SHR5YOL110W 714 nt12.02□□□□□ -0.49
HRD1Q08109 PUT4YOR348C 1884 nt12.01□□□□□ -0.49
HRD1Q08109 SCR1SCR1 522 nt11.95□□□□□ -0.5
HRD1Q08109 URN1YPR152C 1398 nt11.84□□□□□ -0.51
HRD1Q08109 YDJ1YNL064C 1230 nt11.76□□□□□ -0.53
HRD1Q08109 DEP1YAL013W 1218 nt11.74□□□□□ -0.53
HRD1Q08109 OPI9YLR338W 858 nt11.72□□□□□ -0.53
HRD1Q08109 ATS1YAL020C 1002 nt11.71□□□□□ -0.53
HRD1Q08109 ARE1YCR048W 1833 nt11.7□□□□□ -0.54
HRD1Q08109 RRN5YLR141W 1092 nt11.7□□□□□ -0.54
HRD1Q08109 SAH1YER043C 1350 nt11.69□□□□□ -0.54
HRD1Q08109 RPN10YHR200W 807 nt11.69□□□□□ -0.54
HRD1Q08109 POA1YBR022W 534 nt11.65□□□□□ -0.54
HRD1Q08109 YHR049C-AYHR049C-A 297 nt11.59□□□□□ -0.55
HRD1Q08109 YNL208WYNL208W 600 nt11.58□□□□□ -0.56
HRD1Q08109 GAR1YHR089C 618 nt11.53□□□□□ -0.56
HRD1Q08109 YER088W-BYER088W-B 147 nt11.45□□□□□ -0.58
HRD1Q08109 BSC6YOL137W 1494 nt11.44□□□□□ -0.58
HRD1Q08109 PUN1YLR414C 792 nt11.42□□□□□ -0.58
HRD1Q08109 RSB1YOR049C 1065 nt11.4□□□□□ -0.58
HRD1Q08109 BUD23YCR047C 828 nt11.34□□□□□ -0.59
HRD1Q08109 YJR018WYJR018W 363 nt11.3□□□□□ -0.6
HRD1Q08109 PTC2YER089C 1395 nt11.28□□□□□ -0.6
HRD1Q08109 NAB2YGL122C 1578 nt11.2□□□□□ -0.62
HRD1Q08109 TIR1YER011W 765 nt11.15□□□□□ -0.62
HRD1Q08109 RPP2BYDR382W 333 nt11.06□□□□□ -0.64
HRD1Q08109 SSA1YAL005C 1929 nt11.02□□□□□ -0.65
HRD1Q08109 FPR4YLR449W 1179 nt10.99□□□□□ -0.65
HRD1Q08109 DAL1YIR027C 1383 nt10.99□□□□□ -0.65
HRD1Q08109 SPT5YML010W 3192 nt10.98□□□□□ -0.65
HRD1Q08109 INM2YDR287W 879 nt10.97□□□□□ -0.65
HRD1Q08109 FIS1YIL065C 468 nt10.94□□□□□ -0.66
HRD1Q08109 YJR120WYJR120W 351 nt10.94□□□□□ -0.66
HRD1Q08109 PAC11YDR488C 1602 nt10.94□□□□□ -0.66
HRD1Q08109 NVJ2YPR091C 2313 nt10.9□□□□□ -0.66
HRD1Q08109 PST2YDR032C 597 nt10.87□□□□□ -0.67
HRD1Q08109 PHO4YFR034C 939 nt10.87□□□□□ -0.67
HRD1Q08109 SSA4YER103W 1929 nt10.78□□□□□ -0.68
HRD1Q08109 YBL100CYBL100C 315 nt10.78□□□□□ -0.68
HRD1Q08109 MEP2YNL142W 1500 nt10.77□□□□□ -0.69
HRD1Q08109 FPS1YLL043W 2010 nt10.76□□□□□ -0.69
HRD1Q08109 YPS1YLR120C 1710 nt10.74□□□□□ -0.69
HRD1Q08109 BDH2YAL061W 1254 nt10.73□□□□□ -0.69
HRD1Q08109 SRB2YHR041C 633 nt10.7□□□□□ -0.7
HRD1Q08109 YHR165W-AYHR165W-A 312 nt10.69□□□□□ -0.7
HRD1Q08109 FUN26YAL022C 1554 nt10.64□□□□□ -0.71
HRD1Q08109 YDR095CYDR095C 411 nt10.63□□□□□ -0.71
HRD1Q08109 TRM9YML014W 840 nt10.61□□□□□ -0.71
HRD1Q08109 ALF1YNL148C 765 nt10.6□□□□□ -0.71
HRD1Q08109 WWM1YFL010C 636 nt10.58□□□□□ -0.72
HRD1Q08109 LSM3YLR438C-A 270 nt10.56□□□□□ -0.72
HRD1Q08109 DCW1YKL046C 1350 nt10.55□□□□□ -0.72
HRD1Q08109 YGR021WYGR021W 873 nt10.52□□□□□ -0.73
HRD1Q08109 YMR090WYMR090W 684 nt10.51□□□□□ -0.73
HRD1Q08109 BDF1YLR399C 2061 nt10.51□□□□□ -0.73
HRD1Q08109 SHU1YHL006C 453 nt10.48□□□□□ -0.73
HRD1Q08109 YFL021C-AYFL021C-A 855 nt10.47□□□□□ -0.73
HRD1Q08109 SUF2tP(AGG)C 72 nt10.47□□□□□ -0.73
HRD1Q08109 SUF10tP(AGG)N 72 nt10.47□□□□□ -0.73
HRD1Q08109 RPP2AYOL039W 321 nt10.47□□□□□ -0.73
HRD1Q08109 CCT6YDR188W 1641 nt10.47□□□□□ -0.73
HRD1Q08109 EMI2YDR516C 1503 nt10.46□□□□□ -0.74
HRD1Q08109 YAL037C-BYAL037C-B 975 nt10.41□□□□□ -0.74
HRD1Q08109 HOM6YJR139C 1080 nt10.39□□□□□ -0.75
HRD1Q08109 PTP1YDL230W 1008 nt10.37□□□□□ -0.75
HRD1Q08109 SIS1YNL007C 1059 nt10.37□□□□□ -0.75
HRD1Q08109 YDL221WYDL221W 552 nt10.35□□□□□ -0.75
HRD1Q08109 YKL097CYKL097C 411 nt10.35□□□□□ -0.75
HRD1Q08109 CAC2YML102W 1407 nt10.33□□□□□ -0.76
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