RNA–Protein interactions for RNA: Q0140

VAR1, Transcript of Mitochondrial ribosomal protein of the small subunit, yeast

Gene VAR1, Length 1,197 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VAR1	Q0140	YLR159W	P0CE97	114 aa		-0.47	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	YLR161W	P0CE98	114 aa		-0.47	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	DID2	P69771	204 aa		-0.47	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	TSC3	Q3E790	80 aa		-0.47	□□□□□ -2.48
VAR1	Q0140	ATG22	P25568	528 aa		-0.48	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	PRX1	P34227	261 aa	Known RBP	-0.48	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	MRPL28	P36527	147 aa		-0.48	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	PRE6	P40303	254 aa	Known RBP	-0.48	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	YAR1	P46683	200 aa		-0.48	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	DBP3	P20447	523 aa	Known RBP	-0.49	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	DBF2	P22204	572 aa		-0.49	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	YKL075C	P36083	450 aa		-0.49	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	GVP36	P40531	326 aa	Known RBP	-0.49	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	LPP1	Q04396	274 aa		-0.49	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	MDM35	O60200	86 aa		-0.5	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	POP4	P38336	279 aa		-0.5	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	YLR460C	P54007	376 aa		-0.5	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	EGD1	Q02642	157 aa	Known RBP	-0.5	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	YML108W	Q03759	105 aa		-0.5	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	COX20	Q04935	205 aa		-0.5	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	CSM4	Q08955	156 aa		-0.5	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	YEL008W	P40001	126 aa		-0.51	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	BTS1	Q12051	335 aa		-0.51	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	TIM9	O74700	87 aa		-0.52	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	CDC10	P25342	322 aa	Known RBP	-0.52	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	DOG2	P38773	246 aa		-0.52	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	RPL24A	P04449	155 aa	Known RBP	-0.53	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	KRR1	P25586	316 aa	Predicted RBP	-0.53	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	RPT5	P33297	434 aa	Known RBP	-0.53	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	YLR126C	Q12288	251 aa		-0.53	□□□□□ -2.49
VAR1	Q0140	POL30	P15873	258 aa	Known RBP	-0.54	□□□□□ -2.5
VAR1	Q0140	YBR285W	P38354	144 aa		-0.54	□□□□□ -2.5
VAR1	Q0140	COA3	Q3E7B2	85 aa		-0.54	□□□□□ -2.5
VAR1	Q0140	YER034W	P40022	185 aa	Known RBP	-0.55	□□□□□ -2.5
VAR1	Q0140	YRA1	Q12159	226 aa	Known RBP	-0.55	□□□□□ -2.5
VAR1	Q0140	LSO2	Q3E772	92 aa	Known RBP	-0.55	□□□□□ -2.5
VAR1	Q0140	SRB4	P32569	687 aa		-0.56	□□□□□ -2.5
VAR1	Q0140	MRPL15	P36523	253 aa		-0.58	□□□□□ -2.5
VAR1	Q0140	EMC2	P47133	292 aa	Known RBP	-0.58	□□□□□ -2.5
VAR1	Q0140	SDO1	Q07953	250 aa	Known RBP	-0.58	□□□□□ -2.5
VAR1	Q0140	PET100	P38958	111 aa		-0.59	□□□□□ -2.5
VAR1	Q0140	HPA3	P39979	161 aa		-0.59	□□□□□ -2.5
VAR1	Q0140	YPL073C	P40323	161 aa		-0.59	□□□□□ -2.5
VAR1	Q0140	YIL102C	P40488	101 aa		-0.59	□□□□□ -2.5
VAR1	Q0140	YPR174C	Q06616	221 aa	Predicted RBP	-0.59	□□□□□ -2.5
VAR1	Q0140	YJR149W	P47177	404 aa		-0.6	□□□□□ -2.51
VAR1	Q0140	YDR391C	Q04170	232 aa		-0.6	□□□□□ -2.51
VAR1	Q0140	YPR203W	Q08994	102 aa		-0.6	□□□□□ -2.51
VAR1	Q0140	MCP1	Q12106	302 aa		-0.61	□□□□□ -2.51
VAR1	Q0140	FAS1	P07149	2051 aa	Known RBP	-0.61	□□□□□ -2.51
VAR1	Q0140	DAL80	P26343	269 aa		-0.62	□□□□□ -2.51
VAR1	Q0140	MCM22	P47167	239 aa		-0.62	□□□□□ -2.51
VAR1	Q0140	SKG1	P36169	355 aa		-0.63	□□□□□ -2.51
VAR1	Q0140	CCW12	Q12127	133 aa		-0.63	□□□□□ -2.51
VAR1	Q0140	OPI1	P21957	404 aa		-0.64	□□□□□ -2.51
VAR1	Q0140	UBC8	P28263	218 aa		-0.64	□□□□□ -2.51
VAR1	Q0140	SEC17	P32602	292 aa		-0.64	□□□□□ -2.51
VAR1	Q0140	YHL037C	P38733	133 aa		-0.64	□□□□□ -2.51
VAR1	Q0140	TDA8	Q6B2U8	126 aa		-0.64	□□□□□ -2.51
VAR1	Q0140	TCP1	P12612	559 aa	Known RBP	-0.66	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	RPB7	P34087	171 aa		-0.66	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	YDR274C	P87283	123 aa		-0.66	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	MSF1	P08425	469 aa		-0.67	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	ECM4	P36156	370 aa		-0.68	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	HOC1	P47124	396 aa		-0.68	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	PRM8	P53174	237 aa		-0.68	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	BNA7	Q04066	261 aa		-0.68	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	DRS2	P39524	1355 aa		-0.69	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	RPL27A	P0C2H6	136 aa	Known RBP	-0.69	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	AHT1	P29589	182 aa		-0.69	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	MRPL37	P36532	105 aa		-0.69	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	PRM3	Q08931	133 aa		-0.69	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	UTP30	P36144	274 aa	Known RBP	-0.7	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	YFL051C	P43552	160 aa		-0.7	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	TRM9	P49957	279 aa		-0.7	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	UPS3	Q04006	179 aa		-0.7	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	YBR242W	P38331	238 aa		-0.71	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	YAR064W	P39563	99 aa		-0.71	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	NSA1	P53136	463 aa	Predicted RBP	-0.71	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	DAD4	P69851	72 aa		-0.71	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	ODC2	Q99297	307 aa		-0.71	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	SPO13	P23624	291 aa		-0.72	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	TVP23	P38962	199 aa		-0.72	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	ERV25	P54837	211 aa	Known RBP	-0.72	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	LAP3	Q01532	483 aa	Known RBP RIP-Chip data	-0.72	□□□□□ -2.52	not detected
VAR1	Q0140	YMR226C	Q05016	267 aa	Known RBP	-0.72	□□□□□ -2.52
VAR1	Q0140	URA5	P13298	226 aa	Known RBP	-0.73	□□□□□ -2.53
VAR1	Q0140	YHL018W	P38744	120 aa	Predicted RBP	-0.73	□□□□□ -2.53
VAR1	Q0140	NUP84	P52891	726 aa		-0.73	□□□□□ -2.53
VAR1	Q0140	BCY1	P07278	416 aa	Known RBP	-0.75	□□□□□ -2.53
VAR1	Q0140	BET1	P22804	142 aa		-0.75	□□□□□ -2.53
VAR1	Q0140	MGM101	P32787	269 aa	Known RBP	-0.75	□□□□□ -2.53
VAR1	Q0140	MPC3	P53311	146 aa		-0.75	□□□□□ -2.53
VAR1	Q0140	MET31	Q03081	177 aa		-0.75	□□□□□ -2.53
VAR1	Q0140	FIT2	Q08906	153 aa		-0.75	□□□□□ -2.53
VAR1	Q0140	SEN2	P16658	377 aa		-0.76	□□□□□ -2.53
VAR1	Q0140	YDR249C	Q03787	373 aa		-0.76	□□□□□ -2.53
VAR1	Q0140	COX8	P04039	78 aa		-0.77	□□□□□ -2.53
VAR1	Q0140	ATP15	P21306	62 aa		-0.77	□□□□□ -2.53
VAR1	Q0140	CUE1	P38428	203 aa		-0.77	□□□□□ -2.53

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