RNA–Protein interactions for RNA: YCR093W

CDC39, Transcript of Component of the CCR4-NOT1 core complex, yeast

Gene CDC39, Length 6,327 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CDC39	YCR093W	YUH1	P35127	236 aa		1	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	NPT1	P39683	429 aa	Known RBP	1	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	THO1	P40040	218 aa	Known RBP	1	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	DDI1	P40087	428 aa		1	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	NAS6	P50086	228 aa		1	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	REX3	Q12090	404 aa		1	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	ERV2	Q12284	196 aa		1	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	MRPL23	Q12487	163 aa	Predicted RBP	1	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	NUP157	P40064	1391 aa	Known RBP	1	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	RSF2	P46974	1380 aa		1	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	HSP26	P15992	214 aa	Known RBP RIP-Chip data	1	□□□□□ -2.25	not detected
CDC39	YCR093W	MET16	P18408	261 aa	Predicted RBP	1	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	PHA2	P32452	334 aa		1	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	SUA5	P32579	426 aa		1	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	SKI2	P35207	1287 aa	Known RBP RIP-Chip data	1	□□□□□ -2.25	not detected
CDC39	YCR093W	BFR1	P38934	470 aa	Known RBP RIP-Chip data	1	□□□□□ -2.25	RIP-Chip
CDC39	YCR093W	EGT2	P42835	1041 aa		1	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	EFM3	P47163	339 aa		1	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	HXT11	P54862	567 aa		1	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	ADD37	Q03233	198 aa		1	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	YMD8	Q03697	442 aa		1	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	YMR226C	Q05016	267 aa	Known RBP	1	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	YLR012C	Q07927	99 aa		1	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	AI5_BETA	Q9ZZX0	354 aa		1	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	YSP2	Q06681	1438 aa		1	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	ADH5	P38113	351 aa	Known RBP	0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	IML3	P38265	245 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	FRT2	P39734	528 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	MIG3	P39943	394 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	PRE6	P40303	254 aa	Known RBP	0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	TAD2	P47058	250 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	BOR1	P53838	576 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	ERV25	P54837	211 aa	Known RBP	0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	UTP6	Q02354	440 aa	Known RBP	0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	YDR286C	Q05530	114 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	PEX10	Q05568	337 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	PSY3	Q12318	242 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	PRP46	Q12417	451 aa	Predicted RBP	0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	HPR1	P17629	752 aa	Known RBP	0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	YCR022C	P25620	114 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	CWP1	P28319	239 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	MCH2	P36032	473 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	YKR032W	P36127	104 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	SIF2	P38262	535 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	ASP1	P38986	381 aa	Predicted RBP	0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	AGP3	P43548	558 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	SSQ1	Q05931	657 aa	Predicted RBP	0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	PST1	Q12355	444 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	PRM4	Q12498	284 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	HKR1	P41809	1802 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	CFT1	Q06632	1357 aa	Known RBP	0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	YKL097C	P34245	136 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	SOP4	P39543	234 aa	Predicted RBP	0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	SLM1	P40485	686 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	YIL059C	P40520	121 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	ATG18	P43601	500 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	YTH1	Q06102	208 aa	Predicted RBP	0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	RDL2	Q08742	149 aa	Known RBP	0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	YPL278C	Q08990	100 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	ERG2	P32352	222 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	GPX2	P38143	162 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	TIF34	P40217	347 aa	Known RBP	0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	GCN20	P43535	752 aa	Known RBP	0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	LSG1	P53145	640 aa	Known RBP	0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	DRN1	P53255	507 aa	Known RBP	0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	DIA1	P54005	336 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	LAP3	Q01532	483 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.99	□□□□□ -2.25	not detected
CDC39	YCR093W	DPP1	Q05521	289 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	ATP16	Q12165	160 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	MDM32	Q12171	622 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	HRT3	Q12347	344 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	YER078W-A	Q3E7A2	54 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	YOR020W-A	Q3E824	90 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	BI3	Q9ZZW7	517 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	SAG1	P20840	650 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	RPL24B	P24000	155 aa	Known RBP	0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	LDB16	P25587	256 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	NAM9	P27929	486 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	KRE6	P32486	720 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	BMH2	P34730	273 aa	Known RBP	0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	EDC2	P40023	145 aa	Predicted RBP	0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	AVT6	P40074	448 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	SHQ1	P40486	507 aa	Predicted RBP	0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	YFL064C	P43540	174 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	VAC7	P53950	1165 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	CTF19	Q02732	369 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	HEM25	Q07534	307 aa		0.99	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	YAK1	P14680	807 aa		0.98	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	RIB7	P33312	244 aa		0.98	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	PTK1	P36002	662 aa	Predicted RBP	0.98	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	GCD10	P41814	478 aa		0.98	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	BNA6	P43619	295 aa		0.98	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	RRN9	P53437	365 aa		0.98	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	GOT1	Q03554	138 aa		0.98	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	SEC10	Q06245	871 aa		0.98	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	RRS1	Q08746	203 aa	Known RBP	0.98	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	LSO2	Q3E772	92 aa	Known RBP	0.98	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	PDR11	P40550	1411 aa		0.98	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	RPS16A	P0CX51	143 aa	Known RBP	0.98	□□□□□ -2.25
CDC39	YCR093W	RPS16B	P0CX52	143 aa	Known RBP	0.98	□□□□□ -2.25

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