RNA–Protein interactions for RNA: Q0140

VAR1, Transcript of Mitochondrial ribosomal protein of the small subunit, yeast

Gene VAR1, Length 1,197 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VAR1	Q0140	YNL320W	P42840	284 aa		1.25	□□□□□ -2.21
VAR1	Q0140	CGI121	Q03705	181 aa	Known RBP	1.25	□□□□□ -2.21
VAR1	Q0140	IPK1	Q06667	281 aa		1.25	□□□□□ -2.21
VAR1	Q0140	YOL075C	Q08234	1294 aa		1.25	□□□□□ -2.21
VAR1	Q0140	TAF10	Q12030	206 aa		1.25	□□□□□ -2.21
VAR1	Q0140	CLB6	P32943	380 aa		1.24	□□□□□ -2.21
VAR1	Q0140	NAB3	P38996	802 aa	Known RBP RIP-Chip data	1.24	□□□□□ -2.21	not detected
VAR1	Q0140	LYS12	P40495	371 aa	Known RBP	1.24	□□□□□ -2.21
VAR1	Q0140	TFC7	Q12415	435 aa		1.24	□□□□□ -2.21
VAR1	Q0140	MDH1	P17505	334 aa	Known RBP RIP-Chip data	1.23	□□□□□ -2.21	not detected
VAR1	Q0140	EFB1	P32471	206 aa	Known RBP	1.23	□□□□□ -2.21
VAR1	Q0140	PDX1	P16451	410 aa		1.22	□□□□□ -2.21
VAR1	Q0140	PHO80	P20052	293 aa		1.22	□□□□□ -2.21
VAR1	Q0140	FAR1	P21268	830 aa		1.22	□□□□□ -2.21
VAR1	Q0140	CSE1	P33307	960 aa		1.22	□□□□□ -2.21
VAR1	Q0140	NRG2	P38082	220 aa		1.22	□□□□□ -2.21
VAR1	Q0140	POP2	P39008	433 aa		1.22	□□□□□ -2.21
VAR1	Q0140	LCB2	P40970	561 aa		1.22	□□□□□ -2.21
VAR1	Q0140	YNL040W	P53960	456 aa	Predicted RBP	1.22	□□□□□ -2.21
VAR1	Q0140	SRP72	P38688	640 aa	Known RBP	1.21	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	DSE1	P40077	573 aa		1.21	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	LST7	P53237	242 aa		1.21	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	ACT1	P60010	375 aa	Known RBP	1.21	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	RMT2	Q03305	412 aa		1.21	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	MYO5	Q04439	1219 aa	Known RBP	1.21	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	INH1	P01097	85 aa		1.2	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	DAP2	P18962	818 aa		1.2	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	YKL187C	P34231	750 aa		1.2	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	RET3	P53600	189 aa		1.2	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	TRM10	Q12400	293 aa		1.2	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	RPC53	P25441	422 aa		1.19	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	EPL1	P43572	832 aa		1.19	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	LSG1	P53145	640 aa	Known RBP	1.19	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	TPC1	P53257	314 aa		1.19	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	SRN2	Q99176	213 aa		1.19	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	CAB3	P36076	571 aa		1.18	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	DAN1	P47178	298 aa		1.18	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	DSK2	P48510	373 aa		1.18	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	SDS23	P53172	527 aa		1.18	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	RPN6	Q12377	434 aa		1.18	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	MHP1	P43638	1398 aa		1.18	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	YOL163W	P0CF20	169 aa		1.17	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	YFR054C	P43622	192 aa		1.17	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	UBX2	Q04228	584 aa		1.17	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	VPS68	Q12016	184 aa		1.17	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	ERP3	Q12403	225 aa		1.17	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	CDC42	P19073	191 aa		1.16	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	MSK1	P32048	576 aa		1.16	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	LCP5	P40079	357 aa	Predicted RBP	1.16	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	SRB7	P47822	140 aa		1.16	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	AQR1	P53943	586 aa		1.16	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	SPH1	Q06160	661 aa		1.16	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	YPR078C	Q06813	372 aa		1.16	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	TIM22	Q12328	207 aa		1.16	□□□□□ -2.22
VAR1	Q0140	PRE7	P23724	241 aa	Known RBP	1.15	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	DBR1	P24309	405 aa	Known RBP	1.15	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	ATG7	P38862	630 aa		1.15	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	PMT4	P46971	762 aa		1.15	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	TY3A-G	Q12173	290 aa		1.15	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	GPM3	Q12326	303 aa		1.15	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	ISA2	Q12425	185 aa		1.15	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	TY3A-I	Q99219	290 aa		1.15	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	TFS1	P14306	219 aa		1.14	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	YAK1	P14680	807 aa		1.14	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	EDC2	P40023	145 aa	Predicted RBP	1.14	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	SSU72	P53538	206 aa	Predicted RBP	1.14	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	RPN12	P32496	274 aa		1.13	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	MLH1	P38920	769 aa		1.13	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	UFD1	P53044	361 aa		1.13	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	RDS3	Q06835	107 aa	Predicted RBP	1.13	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	RPN5	Q12250	445 aa	Known RBP	1.13	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	YOR012W	Q12351	137 aa		1.13	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	YHR086W-A	Q3E746	53 aa		1.13	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	RPS16A	P0CX51	143 aa	Known RBP	1.12	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	RPS16B	P0CX52	143 aa	Known RBP	1.12	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	AIM33	Q04516	312 aa		1.12	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	CSM3	Q04659	317 aa		1.12	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	FSH3	Q99369	266 aa		1.12	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	MIM1	Q08176	113 aa		1.11	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	CBP2	P03874	630 aa	Predicted RBP	1.1	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	MRPS5	P33759	307 aa		1.1	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	YMR166C	Q03829	368 aa		1.1	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	RPL1A	P0CX43	217 aa	Known RBP	1.09	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	RPL1B	P0CX44	217 aa	Known RBP	1.09	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	ARF2	P19146	181 aa	Known RBP	1.09	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	SCO1	P23833	295 aa		1.09	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	PSO2	P30620	661 aa		1.09	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	SNL1	P40548	159 aa		1.09	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	BUD27	P43573	796 aa	Known RBP RIP-Chip data	1.09	□□□□□ -2.23	not detected
VAR1	Q0140	PIR5	P46999	287 aa		1.09	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	DCR2	Q05924	578 aa		1.09	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	PEX27	Q08580	376 aa		1.09	□□□□□ -2.23
VAR1	Q0140	RPL26A	P05743	127 aa	Known RBP	1.08	□□□□□ -2.24
VAR1	Q0140	KTI12	P34253	313 aa	Known RBP	1.08	□□□□□ -2.24
VAR1	Q0140	YBL028C	P38202	106 aa		1.08	□□□□□ -2.24
VAR1	Q0140	RPL26B	P53221	127 aa	Known RBP	1.08	□□□□□ -2.24
VAR1	Q0140	VPS1	P21576	704 aa	Known RBP	1.07	□□□□□ -2.24
VAR1	Q0140	RRT12	P25381	491 aa		1.07	□□□□□ -2.24
VAR1	Q0140	MPE1	P35728	441 aa	Known RBP	1.07	□□□□□ -2.24
VAR1	Q0140	JNM1	P36224	373 aa		1.07	□□□□□ -2.24

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