RNA–Protein interactions for RNA: YKL049C

CSE4, Transcript of Centromere protein that resembles histone H3, yeast

Gene CSE4, Length 690 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CSE4	YKL049C	TEC1	P18412	486 aa		5.66	□□□□□ -1.5
CSE4	YKL049C	VAC17	P25591	423 aa		5.66	□□□□□ -1.5
CSE4	YKL049C	IXR1	P33417	597 aa		5.66	□□□□□ -1.5
CSE4	YKL049C	HED1	Q03937	162 aa		5.66	□□□□□ -1.5
CSE4	YKL049C	BIM1	P40013	344 aa		5.65	□□□□□ -1.5
CSE4	YKL049C	YDJ1	P25491	409 aa	Known RBP	5.64	□□□□□ -1.51
CSE4	YKL049C	ATG32	P40458	529 aa		5.64	□□□□□ -1.51
CSE4	YKL049C	AIR1	P40507	360 aa	Known RBP	5.64	□□□□□ -1.51
CSE4	YKL049C	YNL108C	P53929	270 aa		5.64	□□□□□ -1.51
CSE4	YKL049C	RPL34B	P40525	121 aa	Known RBP	5.63	□□□□□ -1.51
CSE4	YKL049C	MCM16	Q12262	181 aa		5.63	□□□□□ -1.51
CSE4	YKL049C	SUP45	P12385	437 aa	Known RBP	5.62	□□□□□ -1.51
CSE4	YKL049C	CDC4	P07834	779 aa		5.61	□□□□□ -1.51
CSE4	YKL049C	TIF1	P10081	395 aa	Known RBP	5.61	□□□□□ -1.51
CSE4	YKL049C	GUT2	P32191	649 aa		5.61	□□□□□ -1.51
CSE4	YKL049C	STE20	Q03497	939 aa	Known RBP	5.61	□□□□□ -1.51
CSE4	YKL049C	YPR084W	Q06821	456 aa		5.61	□□□□□ -1.51
CSE4	YKL049C	ENO2	P00925	437 aa	Known RBP	5.6	□□□□□ -1.51
CSE4	YKL049C	ITT1	Q04638	464 aa		5.6	□□□□□ -1.51
CSE4	YKL049C	FRA1	Q07825	749 aa		5.6	□□□□□ -1.51
CSE4	YKL049C	MET32	Q12041	191 aa		5.6	□□□□□ -1.51
CSE4	YKL049C	MET22	P32179	357 aa		5.59	□□□□□ -1.51
CSE4	YKL049C	ISF1	P32488	338 aa		5.59	□□□□□ -1.51
CSE4	YKL049C	EMP47	P43555	445 aa		5.59	□□□□□ -1.51
CSE4	YKL049C	YPP1	P46951	817 aa		5.59	□□□□□ -1.51
CSE4	YKL049C	RTG2	P32608	588 aa	Known RBP	5.58	□□□□□ -1.52
CSE4	YKL049C	MRT4	P33201	236 aa	Known RBP	5.57	□□□□□ -1.52
CSE4	YKL049C	MRX12	P47084	519 aa		5.57	□□□□□ -1.52
CSE4	YKL049C	RIM21	P48565	533 aa		5.57	□□□□□ -1.52
CSE4	YKL049C	APP1	P53933	587 aa		5.57	□□□□□ -1.52
CSE4	YKL049C	ENV9	Q08651	330 aa		5.57	□□□□□ -1.52
CSE4	YKL049C	ASH1	P34233	588 aa		5.56	□□□□□ -1.52
CSE4	YKL049C	EMW1	P42842	904 aa	Known RBP	5.56	□□□□□ -1.52
CSE4	YKL049C	HST3	P53687	447 aa		5.56	□□□□□ -1.52
CSE4	YKL049C	YPR204W	Q08995	1032 aa		5.56	□□□□□ -1.52
CSE4	YKL049C	AFT1	P22149	690 aa		5.55	□□□□□ -1.52
CSE4	YKL049C	ENO1	P00924	437 aa	Known RBP	5.54	□□□□□ -1.52
CSE4	YKL049C	ATG3	P40344	310 aa		5.54	□□□□□ -1.52
CSE4	YKL049C	MSB3	P48566	633 aa	Predicted RBP	5.53	□□□□□ -1.52
CSE4	YKL049C	MRX10	Q05648	414 aa		5.53	□□□□□ -1.52
CSE4	YKL049C	RLF2	Q12495	606 aa		5.53	□□□□□ -1.52
CSE4	YKL049C	YBL086C	P38177	466 aa		5.52	□□□□□ -1.53
CSE4	YKL049C	RTT106	P40161	455 aa		5.52	□□□□□ -1.53
CSE4	YKL049C	APL6	P46682	809 aa		5.52	□□□□□ -1.53
CSE4	YKL049C	YDL176W	Q12027	708 aa		5.52	□□□□□ -1.53
CSE4	YKL049C	RDS2	P19541	446 aa	Known RBP	5.51	□□□□□ -1.53
CSE4	YKL049C	UGA3	P26370	528 aa		5.51	□□□□□ -1.53
CSE4	YKL049C	MKS1	P34072	584 aa		5.51	□□□□□ -1.53
CSE4	YKL049C	TAF7	Q05021	590 aa		5.51	□□□□□ -1.53
CSE4	YKL049C	ATG20	Q07528	640 aa		5.51	□□□□□ -1.53
CSE4	YKL049C	SOH1	P38633	127 aa		5.5	□□□□□ -1.53
CSE4	YKL049C	UTP13	Q05946	817 aa	Known RBP	5.5	□□□□□ -1.53
CSE4	YKL049C	ISR1	Q06098	443 aa	Known RBP	5.5	□□□□□ -1.53
CSE4	YKL049C	FBP26	P32604	452 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CSE4	YKL049C	YJR115W	P47152	169 aa		5.48	□□□□□ -1.53
CSE4	YKL049C	ISU1	Q03020	165 aa		5.48	□□□□□ -1.53
CSE4	YKL049C	MTC5	Q03897	1148 aa		5.48	□□□□□ -1.53
CSE4	YKL049C	YDR444W	Q04093	687 aa		5.48	□□□□□ -1.53
CSE4	YKL049C	DFG5	Q05031	458 aa		5.48	□□□□□ -1.53
CSE4	YKL049C	SIS2	P36024	562 aa		5.47	□□□□□ -1.53
CSE4	YKL049C	HAL5	P38970	855 aa	Known RBP	5.47	□□□□□ -1.53
CSE4	YKL049C	STE6	P12866	1290 aa		5.46	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	TTI1	P36097	1038 aa		5.46	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	PTK2	P47116	818 aa	Known RBP	5.46	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	BDS1	Q08347	646 aa		5.46	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	SRF1	Q12516	437 aa		5.46	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	PEP12	P32854	288 aa		5.45	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	ARG82	P07250	355 aa		5.44	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	CPS1	P27614	576 aa		5.44	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	RPP2B	P02400	110 aa	Known RBP	5.43	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	MIP1	P15801	1254 aa		5.43	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	UTR2	P32623	467 aa		5.43	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	KTR7	P40504	517 aa		5.43	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	AAD14	P42884	376 aa		5.43	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	CBC2	Q08920	208 aa	Known RBP RIP-Chip data	5.43	□□□□□ -1.54	not detected
CSE4	YKL049C	SPT2	P06843	333 aa	Predicted RBP	5.42	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	LCB5	Q06147	687 aa	Known RBP	5.42	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	HDA3	Q06623	655 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	DAT1	P13483	248 aa	Known RBP	5.41	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	SSA4	P22202	642 aa	Known RBP	5.41	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	DLD3	P39976	496 aa	Known RBP	5.41	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	NUP85	P46673	744 aa		5.41	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	WTM2	Q12206	467 aa		5.41	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	TGL4	P36165	910 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	TBS1	P38114	1094 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	AIM9	P40053	627 aa	Known RBP	5.4	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	YFL034W	P43564	1073 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CSE4	YKL049C	PDI1	P17967	522 aa	Known RBP	5.38	□□□□□ -1.55
CSE4	YKL049C	PHO87	P25360	923 aa		5.38	□□□□□ -1.55
CSE4	YKL049C	DLD1	P32891	587 aa		5.38	□□□□□ -1.55
CSE4	YKL049C	LSC2	P53312	427 aa		5.38	□□□□□ -1.55
CSE4	YKL049C	TSC13	Q99190	310 aa		5.38	□□□□□ -1.55
CSE4	YKL049C	GAL2	P13181	574 aa		5.37	□□□□□ -1.55
CSE4	YKL049C	SLX8	P40072	274 aa		5.37	□□□□□ -1.55
CSE4	YKL049C	ECM23	Q02710	187 aa		5.37	□□□□□ -1.55
CSE4	YKL049C	HAP4	P14064	554 aa		5.36	□□□□□ -1.55
CSE4	YKL049C	PUP1	P25043	261 aa		5.36	□□□□□ -1.55
CSE4	YKL049C	YJR098C	P47139	656 aa		5.36	□□□□□ -1.55
CSE4	YKL049C	ACS2	P52910	683 aa	Known RBP	5.36	□□□□□ -1.55
CSE4	YKL049C	YLR346C	Q06139	101 aa		5.36	□□□□□ -1.55

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