RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496567.5

C9orf3-222, Transcript of chromosome 9 open reading frame 3, human

TSL 5

Gene C9orf3, Length 1,575 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
C9orf3-222	ENST00000496567	RAB3GAP2	Q9H2M9	1393 aa		32.45	■■■□□ 2.79
C9orf3-222	ENST00000496567	MLEC	Q14165	292 aa		32.43	■■■□□ 2.78
C9orf3-222	ENST00000496567	DEPDC5	O75140	1603 aa		32.43	■■■□□ 2.78
C9orf3-222	ENST00000496567	HRC	P23327	699 aa		32.42	■■■□□ 2.78
C9orf3-222	ENST00000496567	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		32.41	■■■□□ 2.78
C9orf3-222	ENST00000496567	UNC13B	O14795	1591 aa		32.39	■■■□□ 2.78
C9orf3-222	ENST00000496567	GRWD1	Q9BQ67	446 aa	Known RBP eCLIP	32.39	■■■□□ 2.78
C9orf3-222	ENST00000496567	PRDM15	P57071	1507 aa	Predicted RBP	32.39	■■■□□ 2.77
C9orf3-222	ENST00000496567	KANK1	Q14678	1352 aa		32.38	■■■□□ 2.77
C9orf3-222	ENST00000496567	MROH1	Q8NDA8	1641 aa		32.37	■■■□□ 2.77
C9orf3-222	ENST00000496567	TRIM52	Q96A61	297 aa		32.34	■■■□□ 2.77
C9orf3-222	ENST00000496567	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		32.34	■■■□□ 2.77
C9orf3-222	ENST00000496567	NUP155	O75694	1391 aa		32.34	■■■□□ 2.77
C9orf3-222	ENST00000496567	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	32.32	■■■□□ 2.77
C9orf3-222	ENST00000496567	WASHC2C	Q9Y4E1	1318 aa		32.32	■■■□□ 2.76
C9orf3-222	ENST00000496567	KDM5D	Q9BY66	1539 aa		32.3	■■■□□ 2.76
C9orf3-222	ENST00000496567	VWDE	Q8N2E2	1590 aa		32.29	■■■□□ 2.76
C9orf3-222	ENST00000496567	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		32.28	■■■□□ 2.76
C9orf3-222	ENST00000496567	ZC3H13	Q5T200	1668 aa	Known RBP	32.28	■■■□□ 2.76
C9orf3-222	ENST00000496567	IQGAP3	Q86VI3	1631 aa		32.27	■■■□□ 2.76
C9orf3-222	ENST00000496567	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		32.26	■■■□□ 2.75
C9orf3-222	ENST00000496567	ABCC3	O15438	1527 aa		32.25	■■■□□ 2.75
C9orf3-222	ENST00000496567	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		32.25	■■■□□ 2.75
C9orf3-222	ENST00000496567	LMTK2	Q8IWU2	1503 aa		32.23	■■■□□ 2.75
C9orf3-222	ENST00000496567	MADD	Q8WXG6	1647 aa		32.22	■■■□□ 2.75
C9orf3-222	ENST00000496567	CEP152	O94986	1710 aa		32.22	■■■□□ 2.75
C9orf3-222	ENST00000496567	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	32.22	■■■□□ 2.75
C9orf3-222	ENST00000496567	PZP	P20742	1482 aa		32.18	■■■□□ 2.74
C9orf3-222	ENST00000496567	SLC4A1AP	Q9BWU0	796 aa	Known RBP	32.18	■■■□□ 2.74
C9orf3-222	ENST00000496567	TET3	O43151	1660 aa		32.17	■■■□□ 2.74
C9orf3-222	ENST00000496567	MROH2A	A6NES4	1674 aa		32.17	■■■□□ 2.74
C9orf3-222	ENST00000496567	CAMSAP1	Q5T5Y3	1602 aa		32.15	■■■□□ 2.74
C9orf3-222	ENST00000496567	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	32.15	■■■□□ 2.74
C9orf3-222	ENST00000496567	MPHOSPH9	Q99550	1183 aa		32.15	■■■□□ 2.74
C9orf3-222	ENST00000496567	ZMYM3	Q14202	1370 aa		32.14	■■■□□ 2.73
C9orf3-222	ENST00000496567	EFCAB6	Q5THR3	1501 aa		32.13	■■■□□ 2.73
C9orf3-222	ENST00000496567	ARHGAP31	Q2M1Z3	1444 aa		32.12	■■■□□ 2.73
C9orf3-222	ENST00000496567	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		32.11	■■■□□ 2.73
C9orf3-222	ENST00000496567	PKD2	Q13563	968 aa		32.08	■■■□□ 2.73
C9orf3-222	ENST00000496567	RPRD2	Q5VT52	1461 aa	Known RBP	32.08	■■■□□ 2.73
C9orf3-222	ENST00000496567	NPAT	Q14207	1427 aa		32.06	■■■□□ 2.72
C9orf3-222	ENST00000496567		E9PCH4	1651 aa		32.05	■■■□□ 2.72
C9orf3-222	ENST00000496567	C3	P01024	1663 aa		32.04	■■■□□ 2.72
C9orf3-222	ENST00000496567	PTPRM	P28827	1452 aa		32.04	■■■□□ 2.72
C9orf3-222	ENST00000496567	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	32.01	■■■□□ 2.71
C9orf3-222	ENST00000496567	DHX57	Q6P158	1386 aa	Known RBP	31.99	■■■□□ 2.71
C9orf3-222	ENST00000496567	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		31.97	■■■□□ 2.71
C9orf3-222	ENST00000496567	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	31.96	■■■□□ 2.71
C9orf3-222	ENST00000496567	FOXD1	Q16676	465 aa		31.95	■■■□□ 2.71
C9orf3-222	ENST00000496567	ERVK-7	P63135	1459 aa		31.95	■■■□□ 2.71
C9orf3-222	ENST00000496567	CFAP65	Q6ZU64	1925 aa	Known RBP	31.95	■■■□□ 2.71
C9orf3-222	ENST00000496567	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		31.95	■■■□□ 2.71
C9orf3-222	ENST00000496567	SPATA31D1	Q6ZQQ2	1576 aa		31.93	■■■□□ 2.7
C9orf3-222	ENST00000496567	NOS1	P29475	1434 aa		31.93	■■■□□ 2.7
C9orf3-222	ENST00000496567	PTPRT	O14522	1441 aa		31.91	■■■□□ 2.7
C9orf3-222	ENST00000496567	SPHKAP	Q2M3C7	1700 aa		31.9	■■■□□ 2.7
C9orf3-222	ENST00000496567	TNR	Q92752	1358 aa		31.88	■■■□□ 2.69
C9orf3-222	ENST00000496567	TRPM2	O94759	1503 aa		31.85	■■■□□ 2.69
C9orf3-222	ENST00000496567	ANKRD30B	Q9BXX2	1392 aa		31.84	■■■□□ 2.69
C9orf3-222	ENST00000496567	PLA2R1	Q13018	1463 aa		31.84	■■■□□ 2.69
C9orf3-222	ENST00000496567	SYNM	O15061	1565 aa		31.84	■■■□□ 2.69
C9orf3-222	ENST00000496567	SLC52A1	Q9NWF4	448 aa		31.83	■■■□□ 2.69
C9orf3-222	ENST00000496567	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	31.82	■■■□□ 2.68
C9orf3-222	ENST00000496567	CCDC144A	A2RUR9	1427 aa		31.78	■■■□□ 2.68
C9orf3-222	ENST00000496567	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	31.78	■■■□□ 2.68
C9orf3-222	ENST00000496567	NLRP1	Q9C000	1473 aa		31.78	■■■□□ 2.68
C9orf3-222	ENST00000496567	PIK3C2B	O00750	1634 aa		31.76	■■■□□ 2.67
C9orf3-222	ENST00000496567	IDI1	Q13907	227 aa		31.75	■■■□□ 2.67
C9orf3-222	ENST00000496567	UGGT1	Q9NYU2	1555 aa		31.74	■■■□□ 2.67
C9orf3-222	ENST00000496567	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		31.74	■■■□□ 2.67
C9orf3-222	ENST00000496567	CLTCL1	P53675	1640 aa		31.73	■■■□□ 2.67
C9orf3-222	ENST00000496567	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		31.73	■■■□□ 2.67
C9orf3-222	ENST00000496567	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		31.71	■■■□□ 2.67
C9orf3-222	ENST00000496567	A2ML1	A8K2U0	1454 aa		31.68	■■■□□ 2.66
C9orf3-222	ENST00000496567	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		31.67	■■■□□ 2.66
C9orf3-222	ENST00000496567	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	31.65	■■■□□ 2.66
C9orf3-222	ENST00000496567	KIF1B	O60333	1816 aa		31.65	■■■□□ 2.66
C9orf3-222	ENST00000496567	ZNF142	P52746	1687 aa	Predicted RBP	31.64	■■■□□ 2.66
C9orf3-222	ENST00000496567	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	31.64	■■■□□ 2.65
C9orf3-222	ENST00000496567	KDM5A	P29375	1690 aa	Known RBP	31.63	■■■□□ 2.65
C9orf3-222	ENST00000496567	ADGRB3	O60242	1522 aa		31.63	■■■□□ 2.65
C9orf3-222	ENST00000496567	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		31.62	■■■□□ 2.65
C9orf3-222	ENST00000496567	TMEM131L	A2VDJ0	1609 aa		31.6	■■■□□ 2.65
C9orf3-222	ENST00000496567	UBR1	Q8IWV7	1749 aa		31.59	■■■□□ 2.65
C9orf3-222	ENST00000496567	NEUROD1	Q13562	356 aa		31.59	■■■□□ 2.65
C9orf3-222	ENST00000496567	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	31.58	■■■□□ 2.65
C9orf3-222	ENST00000496567	THEMIS	Q8N1K5	641 aa	Predicted RBP	31.58	■■■□□ 2.65
C9orf3-222	ENST00000496567	NEURL4	Q96JN8	1562 aa		31.57	■■■□□ 2.64
C9orf3-222	ENST00000496567	SPATA31E1	Q6ZUB1	1445 aa		31.56	■■■□□ 2.64
C9orf3-222	ENST00000496567	ZNF326	Q5BKZ1	582 aa	Known RBP	31.53	■■■□□ 2.64
C9orf3-222	ENST00000496567	MYO5B	Q9ULV0	1848 aa		31.52	■■■□□ 2.64
C9orf3-222	ENST00000496567	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		31.52	■■■□□ 2.64
C9orf3-222	ENST00000496567	RGL3	Q3MIN7	710 aa		31.51	■■■□□ 2.64
C9orf3-222	ENST00000496567	RPGRIP1L	Q68CZ1	1315 aa		31.48	■■■□□ 2.63
C9orf3-222	ENST00000496567	TMEM2	Q9UHN6	1383 aa		31.47	■■■□□ 2.63
C9orf3-222	ENST00000496567	HDGF	P51858	240 aa	Known RBP	31.46	■■■□□ 2.63
C9orf3-222	ENST00000496567	SLIT1	O75093	1534 aa		31.45	■■■□□ 2.63
C9orf3-222	ENST00000496567	TONSL	Q96HA7	1378 aa		31.44	■■■□□ 2.62
C9orf3-222	ENST00000496567	ARHGAP23	Q9P227	1491 aa		31.43	■■■□□ 2.62
C9orf3-222	ENST00000496567	RIMS2	Q9UQ26	1411 aa		31.43	■■■□□ 2.62

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