RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000567271.1

NME3-210, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 752 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-210	ENST00000567271	PREX2	Q70Z35	1606 aa		34.15	■■■■□ 3.06
NME3-210	ENST00000567271	MAP3K1	Q13233	1512 aa		34.14	■■■■□ 3.06
NME3-210	ENST00000567271	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		34.14	■■■■□ 3.06
NME3-210	ENST00000567271	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	34.14	■■■■□ 3.06
NME3-210	ENST00000567271	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		34.13	■■■■□ 3.05
NME3-210	ENST00000567271	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		34.13	■■■■□ 3.05
NME3-210	ENST00000567271	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		34.11	■■■■□ 3.05
NME3-210	ENST00000567271	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		34.09	■■■■□ 3.05
NME3-210	ENST00000567271	RICTOR	Q6R327	1708 aa		34.09	■■■■□ 3.05
NME3-210	ENST00000567271	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	34.06	■■■■□ 3.04
NME3-210	ENST00000567271	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		34.04	■■■■□ 3.04
NME3-210	ENST00000567271	APLP2	Q06481	763 aa		34.04	■■■■□ 3.04
NME3-210	ENST00000567271	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	34.03	■■■■□ 3.04
NME3-210	ENST00000567271	NCOA2	Q15596	1464 aa		34.02	■■■■□ 3.04
NME3-210	ENST00000567271	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	34.02	■■■■□ 3.04
NME3-210	ENST00000567271	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	34.01	■■■■□ 3.03
NME3-210	ENST00000567271	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		33.98	■■■■□ 3.03
NME3-210	ENST00000567271	ABCC1	P33527	1531 aa		33.97	■■■■□ 3.03
NME3-210	ENST00000567271	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		33.96	■■■■□ 3.03
NME3-210	ENST00000567271	AFAP1	Q8N556	730 aa		33.95	■■■■□ 3.03
NME3-210	ENST00000567271	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		33.95	■■■■□ 3.02
NME3-210	ENST00000567271	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		33.94	■■■■□ 3.02
NME3-210	ENST00000567271	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		33.94	■■■■□ 3.02
NME3-210	ENST00000567271	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		33.93	■■■■□ 3.02
NME3-210	ENST00000567271	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		33.9	■■■■□ 3.02
NME3-210	ENST00000567271	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		33.9	■■■■□ 3.02
NME3-210	ENST00000567271	KDM5C	P41229	1560 aa		33.88	■■■■□ 3.01
NME3-210	ENST00000567271	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		33.88	■■■■□ 3.01
NME3-210	ENST00000567271	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		33.88	■■■■□ 3.01
NME3-210	ENST00000567271	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		33.88	■■■■□ 3.01
NME3-210	ENST00000567271	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		33.87	■■■■□ 3.01
NME3-210	ENST00000567271	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		33.87	■■■■□ 3.01
NME3-210	ENST00000567271	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	33.87	■■■■□ 3.01
NME3-210	ENST00000567271	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	33.86	■■■■□ 3.01
NME3-210	ENST00000567271	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		33.84	■■■■□ 3.01
NME3-210	ENST00000567271	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		33.8	■■■■□ 3
NME3-210	ENST00000567271	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	33.79	■■■■□ 3
NME3-210	ENST00000567271	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		33.77	■■■■□ 3
NME3-210	ENST00000567271	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		33.77	■■■■□ 3
NME3-210	ENST00000567271	ATP10A	O60312	1499 aa		33.76	■■■□□ 2.99
NME3-210	ENST00000567271	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		33.75	■■■□□ 2.99
NME3-210	ENST00000567271	MBD5	Q9P267	1494 aa		33.75	■■■□□ 2.99
NME3-210	ENST00000567271	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		33.74	■■■□□ 2.99
NME3-210	ENST00000567271	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	33.74	■■■□□ 2.99
NME3-210	ENST00000567271	MIA2	Q96PC5	1412 aa		33.71	■■■□□ 2.99
NME3-210	ENST00000567271	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	33.71	■■■□□ 2.99
NME3-210	ENST00000567271	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		33.69	■■■□□ 2.98
NME3-210	ENST00000567271	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		33.68	■■■□□ 2.98
NME3-210	ENST00000567271	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		33.67	■■■□□ 2.98
NME3-210	ENST00000567271	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		33.65	■■■□□ 2.98
NME3-210	ENST00000567271	ABCA6	Q8N139	1617 aa		33.65	■■■□□ 2.98
NME3-210	ENST00000567271	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		33.65	■■■□□ 2.98
NME3-210	ENST00000567271	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		33.61	■■■□□ 2.97
NME3-210	ENST00000567271	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		33.61	■■■□□ 2.97
NME3-210	ENST00000567271	ATP7A	Q04656	1500 aa		33.6	■■■□□ 2.97
NME3-210	ENST00000567271	RERE	Q9P2R6	1566 aa		33.6	■■■□□ 2.97
NME3-210	ENST00000567271	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	33.6	■■■□□ 2.97
NME3-210	ENST00000567271	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		33.58	■■■□□ 2.97
NME3-210	ENST00000567271	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		33.58	■■■□□ 2.97
NME3-210	ENST00000567271	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		33.56	■■■□□ 2.96
NME3-210	ENST00000567271	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		33.55	■■■□□ 2.96
NME3-210	ENST00000567271	MLEC	Q14165	292 aa		33.52	■■■□□ 2.96
NME3-210	ENST00000567271	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		33.52	■■■□□ 2.96
NME3-210	ENST00000567271	TSPY4	P0CV99	314 aa		33.51	■■■□□ 2.95
NME3-210	ENST00000567271	TSPY10	P0CW01	314 aa		33.51	■■■□□ 2.95
NME3-210	ENST00000567271	AGL	P35573	1532 aa		33.49	■■■□□ 2.95
NME3-210	ENST00000567271	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	33.49	■■■□□ 2.95
NME3-210	ENST00000567271	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	33.48	■■■□□ 2.95
NME3-210	ENST00000567271	MADD	Q8WXG6	1647 aa		33.47	■■■□□ 2.95
NME3-210	ENST00000567271	A2M	P01023	1474 aa		33.46	■■■□□ 2.95
NME3-210	ENST00000567271	PTPRM	P28827	1452 aa		33.42	■■■□□ 2.94
NME3-210	ENST00000567271	PLXNC1	O60486	1568 aa		33.41	■■■□□ 2.94
NME3-210	ENST00000567271	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		33.41	■■■□□ 2.94
NME3-210	ENST00000567271	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		33.4	■■■□□ 2.94
NME3-210	ENST00000567271	ABCC5	O15440	1437 aa		33.39	■■■□□ 2.94
NME3-210	ENST00000567271	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	33.38	■■■□□ 2.93
NME3-210	ENST00000567271	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	33.36	■■■□□ 2.93
NME3-210	ENST00000567271	DAPK1	P53355	1430 aa		33.35	■■■□□ 2.93
NME3-210	ENST00000567271	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	33.34	■■■□□ 2.93
NME3-210	ENST00000567271	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		33.34	■■■□□ 2.93
NME3-210	ENST00000567271	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	33.33	■■■□□ 2.93
NME3-210	ENST00000567271	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		33.32	■■■□□ 2.92
NME3-210	ENST00000567271	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		33.29	■■■□□ 2.92
NME3-210	ENST00000567271	GGT6	Q6P531	493 aa		33.25	■■■□□ 2.91
NME3-210	ENST00000567271	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	33.24	■■■□□ 2.91
NME3-210	ENST00000567271	KIF3B	O15066	747 aa		33.22	■■■□□ 2.91
NME3-210	ENST00000567271	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		33.21	■■■□□ 2.91
NME3-210	ENST00000567271	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		33.21	■■■□□ 2.91
NME3-210	ENST00000567271	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		33.19	■■■□□ 2.9
NME3-210	ENST00000567271	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		33.19	■■■□□ 2.9
NME3-210	ENST00000567271	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		33.19	■■■□□ 2.9
NME3-210	ENST00000567271	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	33.18	■■■□□ 2.9
NME3-210	ENST00000567271	KIF15	Q9NS87	1388 aa		33.18	■■■□□ 2.9
NME3-210	ENST00000567271	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		33.17	■■■□□ 2.9
NME3-210	ENST00000567271	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	33.17	■■■□□ 2.9
NME3-210	ENST00000567271	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		33.17	■■■□□ 2.9
NME3-210	ENST00000567271	NCOA1	Q15788	1441 aa		33.14	■■■□□ 2.9
NME3-210	ENST00000567271	ADGRL2	O95490	1459 aa		33.12	■■■□□ 2.89
NME3-210	ENST00000567271	PTPRK	Q15262	1439 aa		33.11	■■■□□ 2.89
NME3-210	ENST00000567271	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	33.11	■■■□□ 2.89

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