RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000561668.5

PKD1-223, Transcript of polycystin 1, transient receptor potential channel interacting, human

TSL 3

Gene PKD1, Length 665 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PKD1-223	ENST00000561668	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		29.6	■■■□□ 2.33
PKD1-223	ENST00000561668	RICTOR	Q6R327	1708 aa		29.59	■■■□□ 2.33
PKD1-223	ENST00000561668	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	29.59	■■■□□ 2.33
PKD1-223	ENST00000561668	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		29.56	■■■□□ 2.32
PKD1-223	ENST00000561668	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	29.55	■■■□□ 2.32
PKD1-223	ENST00000561668	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		29.54	■■■□□ 2.32
PKD1-223	ENST00000561668	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		29.54	■■■□□ 2.32
PKD1-223	ENST00000561668	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		29.54	■■■□□ 2.32
PKD1-223	ENST00000561668	PREX2	Q70Z35	1606 aa		29.53	■■■□□ 2.32
PKD1-223	ENST00000561668	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		29.52	■■■□□ 2.32
PKD1-223	ENST00000561668	AFAP1	Q8N556	730 aa		29.51	■■■□□ 2.31
PKD1-223	ENST00000561668	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	29.51	■■■□□ 2.31
PKD1-223	ENST00000561668	MAP3K1	Q13233	1512 aa		29.5	■■■□□ 2.31
PKD1-223	ENST00000561668	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		29.5	■■■□□ 2.31
PKD1-223	ENST00000561668	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		29.48	■■■□□ 2.31
PKD1-223	ENST00000561668	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		29.48	■■■□□ 2.31
PKD1-223	ENST00000561668	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		29.48	■■■□□ 2.31
PKD1-223	ENST00000561668	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	29.47	■■■□□ 2.31
PKD1-223	ENST00000561668	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		29.46	■■■□□ 2.31
PKD1-223	ENST00000561668	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		29.45	■■■□□ 2.31
PKD1-223	ENST00000561668	APLP2	Q06481	763 aa		29.44	■■■□□ 2.3
PKD1-223	ENST00000561668	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		29.44	■■■□□ 2.3
PKD1-223	ENST00000561668	TIAM1	Q13009	1591 aa		29.43	■■■□□ 2.3
PKD1-223	ENST00000561668	ATP10A	O60312	1499 aa		29.38	■■■□□ 2.29
PKD1-223	ENST00000561668	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	29.38	■■■□□ 2.29
PKD1-223	ENST00000561668	ABCC1	P33527	1531 aa		29.38	■■■□□ 2.29
PKD1-223	ENST00000561668	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		29.37	■■■□□ 2.29
PKD1-223	ENST00000561668	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		29.36	■■■□□ 2.29
PKD1-223	ENST00000561668	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		29.35	■■■□□ 2.29
PKD1-223	ENST00000561668	KDM5C	P41229	1560 aa		29.34	■■■□□ 2.29
PKD1-223	ENST00000561668	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	29.34	■■■□□ 2.29
PKD1-223	ENST00000561668	MLEC	Q14165	292 aa		29.33	■■■□□ 2.29
PKD1-223	ENST00000561668	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		29.33	■■■□□ 2.29
PKD1-223	ENST00000561668	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		29.33	■■■□□ 2.29
PKD1-223	ENST00000561668	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		29.32	■■■□□ 2.28
PKD1-223	ENST00000561668	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		29.32	■■■□□ 2.28
PKD1-223	ENST00000561668	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		29.31	■■■□□ 2.28
PKD1-223	ENST00000561668	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		29.31	■■■□□ 2.28
PKD1-223	ENST00000561668	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		29.31	■■■□□ 2.28
PKD1-223	ENST00000561668	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		29.3	■■■□□ 2.28
PKD1-223	ENST00000561668	NCOA2	Q15596	1464 aa		29.3	■■■□□ 2.28
PKD1-223	ENST00000561668	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		29.3	■■■□□ 2.28
PKD1-223	ENST00000561668	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	29.28	■■■□□ 2.28
PKD1-223	ENST00000561668	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		29.28	■■■□□ 2.28
PKD1-223	ENST00000561668	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	29.27	■■■□□ 2.28
PKD1-223	ENST00000561668	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	29.26	■■■□□ 2.27
PKD1-223	ENST00000561668	PTPRM	P28827	1452 aa		29.23	■■■□□ 2.27
PKD1-223	ENST00000561668	MADD	Q8WXG6	1647 aa		29.2	■■■□□ 2.27
PKD1-223	ENST00000561668	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		29.2	■■■□□ 2.26
PKD1-223	ENST00000561668	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		29.19	■■■□□ 2.26
PKD1-223	ENST00000561668	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		29.17	■■■□□ 2.26
PKD1-223	ENST00000561668	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		29.17	■■■□□ 2.26
PKD1-223	ENST00000561668	ABCA6	Q8N139	1617 aa		29.16	■■■□□ 2.26
PKD1-223	ENST00000561668	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		29.16	■■■□□ 2.26
PKD1-223	ENST00000561668	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	29.16	■■■□□ 2.26
PKD1-223	ENST00000561668	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	29.14	■■■□□ 2.26
PKD1-223	ENST00000561668	RERE	Q9P2R6	1566 aa		29.13	■■■□□ 2.25
PKD1-223	ENST00000561668	MBD5	Q9P267	1494 aa		29.11	■■■□□ 2.25
PKD1-223	ENST00000561668	ATP7A	Q04656	1500 aa		29.11	■■■□□ 2.25
PKD1-223	ENST00000561668	TSPY4	P0CV99	314 aa		29.11	■■■□□ 2.25
PKD1-223	ENST00000561668	TSPY10	P0CW01	314 aa		29.11	■■■□□ 2.25
PKD1-223	ENST00000561668	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		29.1	■■■□□ 2.25
PKD1-223	ENST00000561668	AGL	P35573	1532 aa		29.08	■■■□□ 2.25
PKD1-223	ENST00000561668	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		29.08	■■■□□ 2.25
PKD1-223	ENST00000561668	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		29.06	■■■□□ 2.24
PKD1-223	ENST00000561668	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		29.05	■■■□□ 2.24
PKD1-223	ENST00000561668	MIA2	Q96PC5	1412 aa		29.05	■■■□□ 2.24
PKD1-223	ENST00000561668	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		29.04	■■■□□ 2.24
PKD1-223	ENST00000561668	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	29.04	■■■□□ 2.24
PKD1-223	ENST00000561668	A2M	P01023	1474 aa		29.03	■■■□□ 2.24
PKD1-223	ENST00000561668	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	28.98	■■■□□ 2.23
PKD1-223	ENST00000561668	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		28.97	■■■□□ 2.23
PKD1-223	ENST00000561668	GGT6	Q6P531	493 aa		28.97	■■■□□ 2.23
PKD1-223	ENST00000561668	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		28.96	■■■□□ 2.23
PKD1-223	ENST00000561668	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	28.94	■■■□□ 2.22
PKD1-223	ENST00000561668	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		28.92	■■■□□ 2.22
PKD1-223	ENST00000561668	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		28.91	■■■□□ 2.22
PKD1-223	ENST00000561668	PLXNC1	O60486	1568 aa		28.89	■■■□□ 2.22
PKD1-223	ENST00000561668	KIF3B	O15066	747 aa		28.89	■■■□□ 2.22
PKD1-223	ENST00000561668	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		28.86	■■■□□ 2.21
PKD1-223	ENST00000561668	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		28.85	■■■□□ 2.21
PKD1-223	ENST00000561668	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	28.85	■■■□□ 2.21
PKD1-223	ENST00000561668	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		28.83	■■■□□ 2.21
PKD1-223	ENST00000561668	ZMYM3	Q14202	1370 aa		28.82	■■■□□ 2.2
PKD1-223	ENST00000561668	HSPA2	P54652	639 aa		28.8	■■■□□ 2.2
PKD1-223	ENST00000561668	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	28.8	■■■□□ 2.2
PKD1-223	ENST00000561668	C3	P01024	1663 aa		28.8	■■■□□ 2.2
PKD1-223	ENST00000561668	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		28.79	■■■□□ 2.2
PKD1-223	ENST00000561668	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	28.78	■■■□□ 2.2
PKD1-223	ENST00000561668	ABCC5	O15440	1437 aa		28.76	■■■□□ 2.19
PKD1-223	ENST00000561668	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		28.76	■■■□□ 2.19
PKD1-223	ENST00000561668	WASHC2C	Q9Y4E1	1318 aa		28.75	■■■□□ 2.19
PKD1-223	ENST00000561668	MROH2A	A6NES4	1674 aa		28.75	■■■□□ 2.19
PKD1-223	ENST00000561668	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	28.74	■■■□□ 2.19
PKD1-223	ENST00000561668	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		28.74	■■■□□ 2.19
PKD1-223	ENST00000561668	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		28.74	■■■□□ 2.19
PKD1-223	ENST00000561668	DAPK1	P53355	1430 aa		28.73	■■■□□ 2.19
PKD1-223	ENST00000561668	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	28.73	■■■□□ 2.19
PKD1-223	ENST00000561668	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		28.72	■■■□□ 2.19
PKD1-223	ENST00000561668	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		28.71	■■■□□ 2.19

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