RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000550996.1

CS-222, Transcript of citrate synthase, human

TSL 2

Gene CS, Length 718 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CS-222	ENST00000550996	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		33.42	■■■□□ 2.94
CS-222	ENST00000550996	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		33.39	■■■□□ 2.94
CS-222	ENST00000550996	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		33.38	■■■□□ 2.93
CS-222	ENST00000550996	PREX2	Q70Z35	1606 aa		33.38	■■■□□ 2.93
CS-222	ENST00000550996	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		33.36	■■■□□ 2.93
CS-222	ENST00000550996	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		33.36	■■■□□ 2.93
CS-222	ENST00000550996	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		33.35	■■■□□ 2.93
CS-222	ENST00000550996	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		33.34	■■■□□ 2.93
CS-222	ENST00000550996	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	33.32	■■■□□ 2.92
CS-222	ENST00000550996	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		33.31	■■■□□ 2.92
CS-222	ENST00000550996	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		33.28	■■■□□ 2.92
CS-222	ENST00000550996	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		33.28	■■■□□ 2.92
CS-222	ENST00000550996	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		33.28	■■■□□ 2.92
CS-222	ENST00000550996	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		33.27	■■■□□ 2.92
CS-222	ENST00000550996	AFAP1	Q8N556	730 aa		33.26	■■■□□ 2.91
CS-222	ENST00000550996	ABCC1	P33527	1531 aa		33.26	■■■□□ 2.91
CS-222	ENST00000550996	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		33.25	■■■□□ 2.91
CS-222	ENST00000550996	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		33.23	■■■□□ 2.91
CS-222	ENST00000550996	KDM5C	P41229	1560 aa		33.22	■■■□□ 2.91
CS-222	ENST00000550996	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		33.21	■■■□□ 2.91
CS-222	ENST00000550996	TIAM1	Q13009	1591 aa		33.21	■■■□□ 2.91
CS-222	ENST00000550996	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		33.19	■■■□□ 2.9
CS-222	ENST00000550996	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	33.18	■■■□□ 2.9
CS-222	ENST00000550996	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		33.18	■■■□□ 2.9
CS-222	ENST00000550996	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	33.17	■■■□□ 2.9
CS-222	ENST00000550996	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		33.16	■■■□□ 2.9
CS-222	ENST00000550996	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	33.15	■■■□□ 2.9
CS-222	ENST00000550996	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		33.14	■■■□□ 2.9
CS-222	ENST00000550996	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		33.12	■■■□□ 2.89
CS-222	ENST00000550996	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		33.12	■■■□□ 2.89
CS-222	ENST00000550996	ATP10A	O60312	1499 aa		33.12	■■■□□ 2.89
CS-222	ENST00000550996	NCOA2	Q15596	1464 aa		33.12	■■■□□ 2.89
CS-222	ENST00000550996	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		33.11	■■■□□ 2.89
CS-222	ENST00000550996	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		33.1	■■■□□ 2.89
CS-222	ENST00000550996	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		33.09	■■■□□ 2.89
CS-222	ENST00000550996	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	33.08	■■■□□ 2.89
CS-222	ENST00000550996	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	33.08	■■■□□ 2.89
CS-222	ENST00000550996	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		33.08	■■■□□ 2.89
CS-222	ENST00000550996	MAP3K1	Q13233	1512 aa		33.07	■■■□□ 2.89
CS-222	ENST00000550996	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	33.07	■■■□□ 2.88
CS-222	ENST00000550996	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		33.07	■■■□□ 2.88
CS-222	ENST00000550996	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		33.05	■■■□□ 2.88
CS-222	ENST00000550996	MADD	Q8WXG6	1647 aa		33.04	■■■□□ 2.88
CS-222	ENST00000550996	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	33.04	■■■□□ 2.88
CS-222	ENST00000550996	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		33.03	■■■□□ 2.88
CS-222	ENST00000550996	ABCA6	Q8N139	1617 aa		33.02	■■■□□ 2.88
CS-222	ENST00000550996	PTPRM	P28827	1452 aa		33.02	■■■□□ 2.88
CS-222	ENST00000550996	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		33.01	■■■□□ 2.87
CS-222	ENST00000550996	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		32.98	■■■□□ 2.87
CS-222	ENST00000550996	MLEC	Q14165	292 aa		32.97	■■■□□ 2.87
CS-222	ENST00000550996	MBD5	Q9P267	1494 aa		32.97	■■■□□ 2.87
CS-222	ENST00000550996	RERE	Q9P2R6	1566 aa		32.95	■■■□□ 2.86
CS-222	ENST00000550996	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	32.94	■■■□□ 2.86
CS-222	ENST00000550996	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		32.9	■■■□□ 2.86
CS-222	ENST00000550996	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	32.89	■■■□□ 2.86
CS-222	ENST00000550996	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	32.88	■■■□□ 2.85
CS-222	ENST00000550996	ATP7A	Q04656	1500 aa		32.88	■■■□□ 2.85
CS-222	ENST00000550996	AGL	P35573	1532 aa		32.85	■■■□□ 2.85
CS-222	ENST00000550996	APLP2	Q06481	763 aa		32.82	■■■□□ 2.84
CS-222	ENST00000550996	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		32.8	■■■□□ 2.84
CS-222	ENST00000550996	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		32.79	■■■□□ 2.84
CS-222	ENST00000550996	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		32.79	■■■□□ 2.84
CS-222	ENST00000550996	PLXNC1	O60486	1568 aa		32.75	■■■□□ 2.83
CS-222	ENST00000550996	A2M	P01023	1474 aa		32.74	■■■□□ 2.83
CS-222	ENST00000550996	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		32.74	■■■□□ 2.83
CS-222	ENST00000550996	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		32.74	■■■□□ 2.83
CS-222	ENST00000550996	MIA2	Q96PC5	1412 aa		32.74	■■■□□ 2.83
CS-222	ENST00000550996	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		32.73	■■■□□ 2.83
CS-222	ENST00000550996	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		32.69	■■■□□ 2.82
CS-222	ENST00000550996	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	32.67	■■■□□ 2.82
CS-222	ENST00000550996	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		32.65	■■■□□ 2.82
CS-222	ENST00000550996	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		32.63	■■■□□ 2.81
CS-222	ENST00000550996	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	32.61	■■■□□ 2.81
CS-222	ENST00000550996	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		32.6	■■■□□ 2.81
CS-222	ENST00000550996	TSPY4	P0CV99	314 aa		32.58	■■■□□ 2.81
CS-222	ENST00000550996	TSPY10	P0CW01	314 aa		32.58	■■■□□ 2.81
CS-222	ENST00000550996	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		32.57	■■■□□ 2.8
CS-222	ENST00000550996	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		32.55	■■■□□ 2.8
CS-222	ENST00000550996	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		32.55	■■■□□ 2.8
CS-222	ENST00000550996	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	32.54	■■■□□ 2.8
CS-222	ENST00000550996	GGT6	Q6P531	493 aa		32.53	■■■□□ 2.8
CS-222	ENST00000550996	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	32.53	■■■□□ 2.8
CS-222	ENST00000550996	ABCC5	O15440	1437 aa		32.52	■■■□□ 2.8
CS-222	ENST00000550996	C3	P01024	1663 aa		32.52	■■■□□ 2.8
CS-222	ENST00000550996	HSPA2	P54652	639 aa		32.49	■■■□□ 2.79
CS-222	ENST00000550996	KIF3B	O15066	747 aa		32.47	■■■□□ 2.79
CS-222	ENST00000550996	ZMYM3	Q14202	1370 aa		32.45	■■■□□ 2.79
CS-222	ENST00000550996	DAPK1	P53355	1430 aa		32.44	■■■□□ 2.78
CS-222	ENST00000550996	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		32.44	■■■□□ 2.78
CS-222	ENST00000550996	MROH2A	A6NES4	1674 aa		32.43	■■■□□ 2.78
CS-222	ENST00000550996	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	32.43	■■■□□ 2.78
CS-222	ENST00000550996	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		32.42	■■■□□ 2.78
CS-222	ENST00000550996	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	32.41	■■■□□ 2.78
CS-222	ENST00000550996	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		32.41	■■■□□ 2.78
CS-222	ENST00000550996	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		32.4	■■■□□ 2.78
CS-222	ENST00000550996	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	32.37	■■■□□ 2.77
CS-222	ENST00000550996	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		32.36	■■■□□ 2.77
CS-222	ENST00000550996	NPAT	Q14207	1427 aa		32.35	■■■□□ 2.77
CS-222	ENST00000550996	KIF15	Q9NS87	1388 aa		32.35	■■■□□ 2.77
CS-222	ENST00000550996	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	32.34	■■■□□ 2.77

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