RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000492275.5

TTC3-223, Transcript of tetratricopeptide repeat domain 3, human

TSL 3

Gene TTC3, Length 769 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TTC3-223	ENST00000492275	RAPGEF3	O95398	923 aa		40.72	■■■■■ 4.11
TTC3-223	ENST00000492275	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	40.68	■■■■■ 4.1
TTC3-223	ENST00000492275	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		40.68	■■■■■ 4.1
TTC3-223	ENST00000492275	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		40.66	■■■■■ 4.1
TTC3-223	ENST00000492275	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	40.66	■■■■■ 4.1
TTC3-223	ENST00000492275	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	40.65	■■■■■ 4.1
TTC3-223	ENST00000492275	ADGRL1	O94910	1474 aa		40.65	■■■■■ 4.1
TTC3-223	ENST00000492275	RICTOR	Q6R327	1708 aa		40.64	■■■■■ 4.1
TTC3-223	ENST00000492275	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		40.62	■■■■■ 4.09
TTC3-223	ENST00000492275	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	40.62	■■■■■ 4.09
TTC3-223	ENST00000492275	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		40.62	■■■■■ 4.09
TTC3-223	ENST00000492275	APLP2	Q06481	763 aa		40.58	■■■■■ 4.09
TTC3-223	ENST00000492275	NCOA2	Q15596	1464 aa		40.58	■■■■■ 4.09
TTC3-223	ENST00000492275	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	40.52	■■■■■ 4.08
TTC3-223	ENST00000492275	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		40.5	■■■■■ 4.07
TTC3-223	ENST00000492275	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	40.49	■■■■■ 4.07
TTC3-223	ENST00000492275	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		40.49	■■■■■ 4.07
TTC3-223	ENST00000492275	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		40.48	■■■■■ 4.07
TTC3-223	ENST00000492275	ABCC1	P33527	1531 aa		40.48	■■■■■ 4.07
TTC3-223	ENST00000492275	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		40.48	■■■■■ 4.07
TTC3-223	ENST00000492275	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		40.45	■■■■■ 4.07
TTC3-223	ENST00000492275	AFAP1	Q8N556	730 aa		40.42	■■■■■ 4.06
TTC3-223	ENST00000492275	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		40.39	■■■■■ 4.06
TTC3-223	ENST00000492275	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		40.39	■■■■■ 4.06
TTC3-223	ENST00000492275	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	40.37	■■■■■ 4.05
TTC3-223	ENST00000492275	KDM5C	P41229	1560 aa		40.35	■■■■■ 4.05
TTC3-223	ENST00000492275	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		40.34	■■■■■ 4.05
TTC3-223	ENST00000492275	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		40.34	■■■■■ 4.05
TTC3-223	ENST00000492275	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	40.34	■■■■■ 4.05	3e-7	■■■■□ 21.3
TTC3-223	ENST00000492275	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		40.33	■■■■■ 4.05
TTC3-223	ENST00000492275	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		40.32	■■■■■ 4.05
TTC3-223	ENST00000492275	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		40.32	■■■■■ 4.04
TTC3-223	ENST00000492275	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		40.31	■■■■■ 4.04
TTC3-223	ENST00000492275	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		40.3	■■■■■ 4.04
TTC3-223	ENST00000492275	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		40.25	■■■■■ 4.03
TTC3-223	ENST00000492275	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		40.24	■■■■■ 4.03
TTC3-223	ENST00000492275	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		40.23	■■■■■ 4.03
TTC3-223	ENST00000492275	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		40.22	■■■■■ 4.03
TTC3-223	ENST00000492275	MBD5	Q9P267	1494 aa		40.22	■■■■■ 4.03
TTC3-223	ENST00000492275	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		40.22	■■■■■ 4.03
TTC3-223	ENST00000492275	MIA2	Q96PC5	1412 aa		40.18	■■■■■ 4.02
TTC3-223	ENST00000492275	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		40.17	■■■■■ 4.02
TTC3-223	ENST00000492275	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		40.17	■■■■■ 4.02
TTC3-223	ENST00000492275	ATP10A	O60312	1499 aa		40.15	■■■■■ 4.02
TTC3-223	ENST00000492275	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		40.14	■■■■■ 4.02
TTC3-223	ENST00000492275	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	40.12	■■■■■ 4.01
TTC3-223	ENST00000492275	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		40.11	■■■■■ 4.01
TTC3-223	ENST00000492275	ABCA6	Q8N139	1617 aa		40.1	■■■■■ 4.01
TTC3-223	ENST00000492275	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	40.07	■■■■■ 4
TTC3-223	ENST00000492275	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		40.07	■■■■■ 4
TTC3-223	ENST00000492275	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		40.05	■■■■■ 4
TTC3-223	ENST00000492275	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	40.05	■■■■■ 4
TTC3-223	ENST00000492275	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		40.05	■■■■■ 4
TTC3-223	ENST00000492275	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	40.05	■■■■■ 4
TTC3-223	ENST00000492275	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		40.03	■■■■■ 4
TTC3-223	ENST00000492275	ATP7A	Q04656	1500 aa		40.03	■■■■■ 4
TTC3-223	ENST00000492275	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		40.03	■■■■■ 4
TTC3-223	ENST00000492275	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		40.03	■■■■■ 4
TTC3-223	ENST00000492275	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		40.01	■■■■■ 4
TTC3-223	ENST00000492275	RERE	Q9P2R6	1566 aa		39.98	■■■■□ 3.99
TTC3-223	ENST00000492275	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	39.97	■■■■□ 3.99
TTC3-223	ENST00000492275	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		39.96	■■■■□ 3.99
TTC3-223	ENST00000492275	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		39.96	■■■■□ 3.99
TTC3-223	ENST00000492275	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	39.95	■■■■□ 3.99
TTC3-223	ENST00000492275	TSPY4	P0CV99	314 aa		39.89	■■■■□ 3.98
TTC3-223	ENST00000492275	TSPY10	P0CW01	314 aa		39.89	■■■■□ 3.98
TTC3-223	ENST00000492275	AGL	P35573	1532 aa		39.86	■■■■□ 3.97
TTC3-223	ENST00000492275	MLEC	Q14165	292 aa		39.86	■■■■□ 3.97
TTC3-223	ENST00000492275	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		39.85	■■■■□ 3.97
TTC3-223	ENST00000492275	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		39.84	■■■■□ 3.97
TTC3-223	ENST00000492275	A2M	P01023	1474 aa		39.83	■■■■□ 3.97
TTC3-223	ENST00000492275	MADD	Q8WXG6	1647 aa		39.83	■■■■□ 3.97
TTC3-223	ENST00000492275	ABCC5	O15440	1437 aa		39.82	■■■■□ 3.97
TTC3-223	ENST00000492275	PLXNC1	O60486	1568 aa		39.8	■■■■□ 3.96
TTC3-223	ENST00000492275	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	39.8	■■■■□ 3.96
TTC3-223	ENST00000492275	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		39.78	■■■■□ 3.96
TTC3-223	ENST00000492275	DAPK1	P53355	1430 aa		39.77	■■■■□ 3.96
TTC3-223	ENST00000492275	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	39.77	■■■■□ 3.96
TTC3-223	ENST00000492275	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	39.73	■■■■□ 3.95
TTC3-223	ENST00000492275	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	39.73	■■■■□ 3.95
TTC3-223	ENST00000492275	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		39.72	■■■■□ 3.95
TTC3-223	ENST00000492275	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		39.71	■■■■□ 3.95
TTC3-223	ENST00000492275	PTPRM	P28827	1452 aa		39.7	■■■■□ 3.95
TTC3-223	ENST00000492275	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		39.61	■■■■□ 3.93
TTC3-223	ENST00000492275	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	39.58	■■■■□ 3.93	3e-9	■■■■□ 21.4
TTC3-223	ENST00000492275	KIF3B	O15066	747 aa		39.56	■■■■□ 3.92
TTC3-223	ENST00000492275	GGT6	Q6P531	493 aa		39.56	■■■■□ 3.92
TTC3-223	ENST00000492275	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		39.56	■■■■□ 3.92
TTC3-223	ENST00000492275	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	39.55	■■■■□ 3.92
TTC3-223	ENST00000492275	PTPRK	Q15262	1439 aa		39.54	■■■■□ 3.92
TTC3-223	ENST00000492275	KIF15	Q9NS87	1388 aa		39.53	■■■■□ 3.92
TTC3-223	ENST00000492275	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		39.53	■■■■□ 3.92
TTC3-223	ENST00000492275	NCOA1	Q15788	1441 aa		39.51	■■■■□ 3.92
TTC3-223	ENST00000492275	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		39.51	■■■■□ 3.92
TTC3-223	ENST00000492275	ADGRL2	O95490	1459 aa		39.49	■■■■□ 3.91
TTC3-223	ENST00000492275	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		39.48	■■■■□ 3.91
TTC3-223	ENST00000492275	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	39.48	■■■■□ 3.91
TTC3-223	ENST00000492275	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	39.46	■■■■□ 3.91
TTC3-223	ENST00000492275	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	39.46	■■■■□ 3.91
TTC3-223	ENST00000492275	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		39.45	■■■■□ 3.91

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