RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000332345.10

LIMS1-201, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMS1, Length 1,235 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-201ENST00000332345 ADGRL1O94910 1474 aa22.03■■□□□ 1.12
LIMS1-201ENST00000332345 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa22.03■■□□□ 1.12
LIMS1-201ENST00000332345 SENP3Q9H4L4 574 aaPredicted RBP22.03■■□□□ 1.12
LIMS1-201ENST00000332345 TIAM1Q13009 1591 aa22.03■■□□□ 1.12
LIMS1-201ENST00000332345 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa22.03■■□□□ 1.12
LIMS1-201ENST00000332345 CCNB3Q8WWL7 1395 aa22.02■■□□□ 1.12
LIMS1-201ENST00000332345 MAP3K1Q13233 1512 aa22.01■■□□□ 1.11
LIMS1-201ENST00000332345 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa22■■□□□ 1.11
LIMS1-201ENST00000332345 PREX2Q70Z35 1606 aa22■■□□□ 1.11
LIMS1-201ENST00000332345 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP22■■□□□ 1.11
LIMS1-201ENST00000332345 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP22■■□□□ 1.11
LIMS1-201ENST00000332345 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP21.98■■□□□ 1.11
LIMS1-201ENST00000332345 RICTORQ6R327 1708 aa21.97■■□□□ 1.11
LIMS1-201ENST00000332345 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa21.96■■□□□ 1.11
LIMS1-201ENST00000332345 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP21.95■■□□□ 1.1
LIMS1-201ENST00000332345 FRMPD1Q5SYB0 1578 aa21.95■■□□□ 1.1
LIMS1-201ENST00000332345 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP21.94■■□□□ 1.1
LIMS1-201ENST00000332345 POGZQ7Z3K3 1410 aa21.93■■□□□ 1.1
LIMS1-201ENST00000332345 AFAP1Q8N556 730 aa21.92■■□□□ 1.1
LIMS1-201ENST00000332345 NCOA2Q15596 1464 aa21.91■■□□□ 1.1
LIMS1-201ENST00000332345 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa21.91■■□□□ 1.1
LIMS1-201ENST00000332345 MAGI2Q86UL8 1455 aa21.91■■□□□ 1.1
LIMS1-201ENST00000332345 MYT1LQ9UL68 1186 aa21.9■■□□□ 1.1
LIMS1-201ENST00000332345 ZMYM4Q5VZL5 1548 aa21.89■■□□□ 1.09
LIMS1-201ENST00000332345 ITSN2Q9NZM3 1697 aa21.88■■□□□ 1.09
LIMS1-201ENST00000332345 KDM4FA0A1W2PPD8 638 aa21.88■■□□□ 1.09
LIMS1-201ENST00000332345 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa21.88■■□□□ 1.09
LIMS1-201ENST00000332345 ABCC1P33527 1531 aa21.87■■□□□ 1.09
LIMS1-201ENST00000332345 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP21.87■■□□□ 1.095e-8■■■■■ 27.1
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LIMS1-201ENST00000332345 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa21.85■■□□□ 1.09
LIMS1-201ENST00000332345 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa21.85■■□□□ 1.09
LIMS1-201ENST00000332345 ARID4BQ4LE39 1312 aaPredicted RBP21.84■■□□□ 1.09
LIMS1-201ENST00000332345 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa21.84■■□□□ 1.09
LIMS1-201ENST00000332345 ZFYVE16Q7Z3T8 1539 aa21.84■■□□□ 1.09
LIMS1-201ENST00000332345 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP21.82■■□□□ 1.08
LIMS1-201ENST00000332345 KDM5CP41229 1560 aa21.82■■□□□ 1.08
LIMS1-201ENST00000332345 YEATS2Q9ULM3 1422 aa21.81■■□□□ 1.08
LIMS1-201ENST00000332345 ARHGEF40Q8TER5 1519 aa21.81■■□□□ 1.08
LIMS1-201ENST00000332345 MLH3Q9UHC1 1453 aa21.8■■□□□ 1.08
LIMS1-201ENST00000332345 RSPH4AQ5TD94 716 aa21.8■■□□□ 1.08
LIMS1-201ENST00000332345 SYCP2Q9BX26 1530 aa21.8■■□□□ 1.08
LIMS1-201ENST00000332345 ATP10AO60312 1499 aa21.79■■□□□ 1.08
LIMS1-201ENST00000332345 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP21.79■■□□□ 1.08
LIMS1-201ENST00000332345 HECW2Q9P2P5 1572 aa21.77■■□□□ 1.08
LIMS1-201ENST00000332345 MYOM3Q5VTT5 1437 aa21.75■■□□□ 1.07
LIMS1-201ENST00000332345 MIA2Q96PC5 1412 aa21.74■■□□□ 1.07
LIMS1-201ENST00000332345 C9orf84Q5VXU9 1444 aa21.73■■□□□ 1.07
LIMS1-201ENST00000332345 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa21.73■■□□□ 1.07
LIMS1-201ENST00000332345 MBD5Q9P267 1494 aa21.73■■□□□ 1.07
LIMS1-201ENST00000332345 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa21.7■■□□□ 1.06
LIMS1-201ENST00000332345 TSPY4P0CV99 314 aa21.7■■□□□ 1.06
LIMS1-201ENST00000332345 TSPY10P0CW01 314 aa21.7■■□□□ 1.06
LIMS1-201ENST00000332345 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa21.68■■□□□ 1.06
LIMS1-201ENST00000332345 BCORL1Q5H9F3 1711 aa21.68■■□□□ 1.06
LIMS1-201ENST00000332345 MLECQ14165 292 aa21.67■■□□□ 1.06
LIMS1-201ENST00000332345 CCDC141Q6ZP82 1450 aa21.66■■□□□ 1.06
LIMS1-201ENST00000332345 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa21.66■■□□□ 1.06
LIMS1-201ENST00000332345 ABCA6Q8N139 1617 aa21.66■■□□□ 1.06
LIMS1-201ENST00000332345 ATP7AQ04656 1500 aa21.65■■□□□ 1.06
LIMS1-201ENST00000332345 ADAMTSL3P82987 1691 aa21.65■■□□□ 1.06
LIMS1-201ENST00000332345 REREQ9P2R6 1566 aa21.65■■□□□ 1.06
LIMS1-201ENST00000332345 ARHGEF5Q12774 1597 aa21.64■■□□□ 1.05
LIMS1-201ENST00000332345 SIGLEC1Q9BZZ2 1709 aa21.63■■□□□ 1.05
LIMS1-201ENST00000332345 FGD6Q6ZV73 1430 aa21.63■■□□□ 1.05
LIMS1-201ENST00000332345 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP21.62■■□□□ 1.05
LIMS1-201ENST00000332345 PTPN23Q9H3S7 1636 aa21.6■■□□□ 1.05
LIMS1-201ENST00000332345 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP21.6■■□□□ 1.05
LIMS1-201ENST00000332345 AGLP35573 1532 aa21.6■■□□□ 1.05
LIMS1-201ENST00000332345 A2MP01023 1474 aa21.58■■□□□ 1.05
LIMS1-201ENST00000332345 ADGBQ8N7X0 1667 aa21.56■■□□□ 1.04
LIMS1-201ENST00000332345 MADDQ8WXG6 1647 aa21.56■■□□□ 1.04
LIMS1-201ENST00000332345 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP21.56■■□□□ 1.04
LIMS1-201ENST00000332345 PTPRMP28827 1452 aa21.56■■□□□ 1.04
LIMS1-201ENST00000332345 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP21.56■■□□□ 1.04
LIMS1-201ENST00000332345 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP21.55■■□□□ 1.04
LIMS1-201ENST00000332345 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP21.55■■□□□ 1.04
LIMS1-201ENST00000332345 RIMS1Q86UR5 1692 aaKnown RBP21.52■■□□□ 1.04
LIMS1-201ENST00000332345 MAST1Q9Y2H9 1570 aa21.52■■□□□ 1.04
LIMS1-201ENST00000332345 FER1L4A9Z1Z3 1794 aa21.51■■□□□ 1.03
LIMS1-201ENST00000332345 ABCC5O15440 1437 aa21.51■■□□□ 1.03
LIMS1-201ENST00000332345 PLXNC1O60486 1568 aa21.5■■□□□ 1.03
LIMS1-201ENST00000332345 GGT6Q6P531 493 aa21.5■■□□□ 1.03
LIMS1-201ENST00000332345 DAPK1P53355 1430 aa21.49■■□□□ 1.03
LIMS1-201ENST00000332345 PPP6R1Q9UPN7 881 aa21.49■■□□□ 1.03
LIMS1-201ENST00000332345 KIF3BO15066 747 aa21.48■■□□□ 1.03
LIMS1-201ENST00000332345 PLPPR3Q6T4P5 718 aa21.48■■□□□ 1.03
LIMS1-201ENST00000332345 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP21.47■■□□□ 1.03
LIMS1-201ENST00000332345 SHANK2Q9UPX8 1470 aa21.46■■□□□ 1.03
LIMS1-201ENST00000332345 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa21.45■■□□□ 1.02
LIMS1-201ENST00000332345 CHIC2Q9UKJ5 165 aa21.45■■□□□ 1.02
LIMS1-201ENST00000332345 CNTLNQ9NXG0 1405 aa21.44■■□□□ 1.02
LIMS1-201ENST00000332345 CROCC2H7BZ55 1655 aa21.44■■□□□ 1.02
LIMS1-201ENST00000332345 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa21.43■■□□□ 1.02
LIMS1-201ENST00000332345 CEBPAP49715 358 aaPredicted RBP21.42■■□□□ 1.02
LIMS1-201ENST00000332345 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP21.4■■□□□ 1.02
LIMS1-201ENST00000332345 KIF15Q9NS87 1388 aa21.4■■□□□ 1.02
LIMS1-201ENST00000332345 DUOX2Q9NRD8 1548 aa21.39■■□□□ 1.02
LIMS1-201ENST00000332345 NCOA1Q15788 1441 aa21.38■■□□□ 1.01
LIMS1-201ENST00000332345 SETD1BQ9UPS6 1966 aaKnown RBP21.37■■□□□ 1.01
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