RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496549.5

CRNKL1-205, Transcript of crooked neck pre-mRNA splicing factor 1, human

TSL 1 (best)

Gene CRNKL1, Length 4,093 nt, Biotype nonsense mediated decay.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CRNKL1-205	ENST00000496549	EPPK1	P58107	5090 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
CRNKL1-205	ENST00000496549	RYR2	Q92736	4967 aa		4.12	□□□□□ -1.75
CRNKL1-205	ENST00000496549	PRO2289	Q9P1D8	64 aa		4.11	□□□□□ -1.75
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP10-2	P60368	255 aa		4.08	□□□□□ -1.76
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP10-1	P60331	282 aa		4.07	□□□□□ -1.76
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP3-2	Q9BYR7	98 aa		4.06	□□□□□ -1.76
CRNKL1-205	ENST00000496549	DNAH1	Q9P2D7	4330 aa		4.06	□□□□□ -1.76
CRNKL1-205	ENST00000496549	KIAA1109	Q2LD37	5005 aa		4.04	□□□□□ -1.76
CRNKL1-205	ENST00000496549	SMR3B	P02814	79 aa	Predicted RBP	4.04	□□□□□ -1.76
CRNKL1-205	ENST00000496549	VPS13D	Q5THJ4	4388 aa		4.03	□□□□□ -1.76
CRNKL1-205	ENST00000496549	PKHD1	P08F94	4074 aa		4.03	□□□□□ -1.77
CRNKL1-205	ENST00000496549	INE1	O15225	51 aa		4.01	□□□□□ -1.77
CRNKL1-205	ENST00000496549	DYNC2H1	Q8NCM8	4307 aa	Known RBP	4	□□□□□ -1.77
CRNKL1-205	ENST00000496549	DNAH10	Q8IVF4	4471 aa		4	□□□□□ -1.77
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP3-3	Q9BYR6	98 aa		3.98	□□□□□ -1.77
CRNKL1-205	ENST00000496549	TNP1	P09430	55 aa		3.97	□□□□□ -1.77
CRNKL1-205	ENST00000496549	DNAH2	Q9P225	4427 aa		3.97	□□□□□ -1.77
CRNKL1-205	ENST00000496549	BIRC6	Q9NR09	4857 aa		3.96	□□□□□ -1.78
CRNKL1-205	ENST00000496549	RYR1	P21817	5038 aa		3.91	□□□□□ -1.78
CRNKL1-205	ENST00000496549	DNAH6	Q9C0G6	4158 aa		3.91	□□□□□ -1.78
CRNKL1-205	ENST00000496549		A0A1B0GVY2	172 aa		3.91	□□□□□ -1.78
CRNKL1-205	ENST00000496549	DNAH11	Q96DT5	4516 aa		3.91	□□□□□ -1.78
CRNKL1-205	ENST00000496549	FAT2	Q9NYQ8	4349 aa		3.9	□□□□□ -1.79
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP4-5	Q9BYR2	181 aa		3.9	□□□□□ -1.79
CRNKL1-205	ENST00000496549	DYNC1H1	Q14204	4646 aa	Known RBP	3.89	□□□□□ -1.79
CRNKL1-205	ENST00000496549	FAT1	Q14517	4588 aa		3.89	□□□□□ -1.79
CRNKL1-205	ENST00000496549	LRP1B	Q9NZR2	4599 aa		3.89	□□□□□ -1.79
CRNKL1-205	ENST00000496549	PCLO	Q9Y6V0	5065 aa		3.88	□□□□□ -1.79
CRNKL1-205	ENST00000496549	DNAH5	Q8TE73	4624 aa		3.88	□□□□□ -1.79
CRNKL1-205	ENST00000496549	HECTD4	Q9Y4D8	3996 aa		3.87	□□□□□ -1.79
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP17-1	Q9BYP8	105 aa		3.86	□□□□□ -1.79
CRNKL1-205	ENST00000496549	DNAH17	Q9UFH2	4485 aa		3.86	□□□□□ -1.79
CRNKL1-205	ENST00000496549	PKD1	P98161	4303 aa		3.85	□□□□□ -1.79
CRNKL1-205	ENST00000496549	HERC2	O95714	4834 aa		3.85	□□□□□ -1.79
CRNKL1-205	ENST00000496549	APOB	P04114	4563 aa	Known RBP	3.84	□□□□□ -1.79
CRNKL1-205	ENST00000496549	ABCA13	Q86UQ4	5058 aa		3.83	□□□□□ -1.8
CRNKL1-205	ENST00000496549	MYCBP2	O75592	4640 aa		3.83	□□□□□ -1.8
CRNKL1-205	ENST00000496549		Q5VSD8	79 aa		3.82	□□□□□ -1.8
CRNKL1-205	ENST00000496549	HSPG2	P98160	4391 aa		3.81	□□□□□ -1.8
CRNKL1-205	ENST00000496549	HERC1	Q15751	4861 aa		3.76	□□□□□ -1.81
CRNKL1-205	ENST00000496549	VPS13B	Q7Z7G8	4022 aa		3.75	□□□□□ -1.81
CRNKL1-205	ENST00000496549	LRP1	Q07954	4544 aa	Known RBP	3.74	□□□□□ -1.81
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP23-1	A1A580	65 aa		3.71	□□□□□ -1.81
CRNKL1-205	ENST00000496549	FAT3	Q8TDW7	4589 aa		3.68	□□□□□ -1.82
CRNKL1-205	ENST00000496549	DNAH8	Q96JB1	4490 aa		3.67	□□□□□ -1.82
CRNKL1-205	ENST00000496549	SPRR5	A0A1B0GTR4	108 aa		3.62	□□□□□ -1.83
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP10-4	P60372	401 aa	Predicted RBP	3.62	□□□□□ -1.83
CRNKL1-205	ENST00000496549	LRP2	P98164	4655 aa		3.58	□□□□□ -1.84
CRNKL1-205	ENST00000496549	UBR4	Q5T4S7	5183 aa		3.58	□□□□□ -1.84
CRNKL1-205	ENST00000496549	MT1HL1	P0DM35	61 aa		3.54	□□□□□ -1.84
CRNKL1-205	ENST00000496549	RNF213	Q63HN8	5207 aa		3.54	□□□□□ -1.84
CRNKL1-205	ENST00000496549	LOR	P23490	312 aa	Predicted RBP	3.51	□□□□□ -1.85
CRNKL1-205	ENST00000496549	PKHD1L1	Q86WI1	4243 aa		3.51	□□□□□ -1.85
CRNKL1-205	ENST00000496549	LPA	P08519	4548 aa		3.48	□□□□□ -1.85
CRNKL1-205	ENST00000496549	HMCN2	Q8NDA2	5059 aa		3.47	□□□□□ -1.85
CRNKL1-205	ENST00000496549	MUC2	Q02817	5179 aa		3.45	□□□□□ -1.86
CRNKL1-205	ENST00000496549	TNXB	P22105	4242 aa		3.43	□□□□□ -1.86
CRNKL1-205	ENST00000496549		M0R2T5	61 aa		3.41	□□□□□ -1.86
CRNKL1-205	ENST00000496549	LCE3A	Q5TA76	89 aa		3.39	□□□□□ -1.87
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP12-3	P60328	96 aa		3.32	□□□□□ -1.88
CRNKL1-205	ENST00000496549	FAT4	Q6V0I7	4981 aa		3.32	□□□□□ -1.88
CRNKL1-205	ENST00000496549	LCE2D	Q5TA82	110 aa	Predicted RBP	3.29	□□□□□ -1.88
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP8-1	Q8IUC2	63 aa		3.24	□□□□□ -1.89
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP10-12	P60413	245 aa		3.23	□□□□□ -1.89
CRNKL1-205	ENST00000496549	FSIP2	Q5CZC0	6907 aa		3.23	□□□□□ -1.89
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP4-1	Q9BYQ7	146 aa		3.2	□□□□□ -1.9
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP10-10	P60014	251 aa		3.19	□□□□□ -1.9
CRNKL1-205	ENST00000496549	SPRR2G	Q9BYE4	73 aa		3.07	□□□□□ -1.92
CRNKL1-205	ENST00000496549	LCE3C	Q5T5A8	94 aa		3.05	□□□□□ -1.92
CRNKL1-205	ENST00000496549	LCE2A	Q5TA79	106 aa	Predicted RBP	3.05	□□□□□ -1.92
CRNKL1-205	ENST00000496549	MUC17	Q685J3	4493 aa		3.04	□□□□□ -1.92
CRNKL1-205	ENST00000496549	LCE2C	Q5TA81	110 aa		3.03	□□□□□ -1.93
CRNKL1-205	ENST00000496549	MT1H	P80294	61 aa		3.02	□□□□□ -1.93
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP9-2	Q9BYQ4	174 aa		3.02	□□□□□ -1.93
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP19-2	Q3LHN2	52 aa		3	□□□□□ -1.93
CRNKL1-205	ENST00000496549	USH2A	O75445	5202 aa		2.96	□□□□□ -1.94
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP19-1	Q8IUB9	90 aa		2.93	□□□□□ -1.94
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP10-5	P60370	271 aa		2.93	□□□□□ -1.94
CRNKL1-205	ENST00000496549	FLG	P20930	4061 aa	Predicted RBP	2.91	□□□□□ -1.94
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP12-4	P60329	112 aa		2.9	□□□□□ -1.94
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP19-5	Q3LI72	72 aa		2.9	□□□□□ -1.95
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP9-6	A0A140TA67	174 aa		2.87	□□□□□ -1.95
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP19-4	Q3LI73	84 aa		2.85	□□□□□ -1.95
CRNKL1-205	ENST00000496549	CRCT1	Q9UGL9	99 aa		2.85	□□□□□ -1.95
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP2-3	P0C7H8	128 aa		2.84	□□□□□ -1.95
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP2-4	Q9BYR9	128 aa		2.84	□□□□□ -1.95
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP2-1	Q9BYU5	128 aa		2.84	□□□□□ -1.95
CRNKL1-205	ENST00000496549	MT1F	P04733	61 aa		2.84	□□□□□ -1.95
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP9-8	Q9BYQ0	159 aa		2.84	□□□□□ -1.95
CRNKL1-205	ENST00000496549	MT2A	P02795	61 aa		2.84	□□□□□ -1.96
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP10-7	P60409	375 aa	Predicted RBP	2.83	□□□□□ -1.96
CRNKL1-205	ENST00000496549	MT1X	P80297	61 aa		2.83	□□□□□ -1.96
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP19-8	Q3LI54	63 aa		2.82	□□□□□ -1.96
CRNKL1-205	ENST00000496549	SSPO	A2VEC9	5147 aa		2.8	□□□□□ -1.96
CRNKL1-205	ENST00000496549	LCE2B	O14633	110 aa		2.77	□□□□□ -1.97
CRNKL1-205	ENST00000496549	KRTAP9-3	Q9BYQ3	159 aa		2.74	□□□□□ -1.97
CRNKL1-205	ENST00000496549	FCGBP	Q9Y6R7	5405 aa	Predicted RBP	2.73	□□□□□ -1.97
CRNKL1-205	ENST00000496549	MT1B	P07438	61 aa		2.72	□□□□□ -1.97
CRNKL1-205	ENST00000496549	MACF1	Q9UPN3	7388 aa	Known RBP	2.7	□□□□□ -1.98
CRNKL1-205	ENST00000496549	SYNE2	Q8WXH0	6885 aa	Known RBP	2.69	□□□□□ -1.98

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 69.1 ms