RNA–Protein interactions for RNA: YDR243C

PRP28, Transcript of RNA helicase in the DEAD-box family, yeast

Gene PRP28, Length 1,767 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
PRP28	YDR243C	ZPR1	P53303	486 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	VPS75	P53853	264 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	SRL4	Q03085	281 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	MMT1	Q03218	510 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	HER2	Q03557	464 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	USA1	Q03714	838 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	VPS64	Q03944	604 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	SHE9	Q04172	456 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	HFD1	Q04458	532 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	YLR287C	Q05881	355 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	VHS3	Q08438	674 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	GET4	Q12125	312 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TY1A-DR3	Q12441	440 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	RMP1	Q12530	201 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	PDR12	Q02785	1511 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	RPO41	P13433	1351 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	KRE5	P22023	1365 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	RPL19A	P0CX82	189 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	RPL19B	P0CX83	189 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	URE2	P23202	354 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	VPS3	P23643	1011 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	RRP43	P25359	394 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	RAD27	P26793	382 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	MVD1	P32377	396 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	PRP19	P32523	503 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	SUV3	P32580	737 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	GYP6	P32806	458 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	PRX1	P34227	261 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	YKL050C	P35736	922 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	SER3	P40054	469 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	AVT6	P40074	448 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	YER137C	P40083	148 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	PDS1	P40316	373 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	SPO22	P40511	975 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	AGE2	P40529	298 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	MDE1	P47095	244 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	YGR153W	P48238	217 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	GOR1	P53839	350 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	PGA2	P53903	129 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	YAF9	P53930	226 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	NAM8	Q00539	523 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	GLO2	Q05584	274 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	EAF1	Q06337	982 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	RPN8	Q08723	338 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	YDL109C	Q12103	647 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TIP41	Q12199	356 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	IPP1	P00817	287 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	HAP4	P14064	554 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	MSD1	P15179	658 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	GSY2	P27472	705 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TYE7	P33122	291 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	DOM34	P33309	386 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	YBR287W	P38355	427 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	YER130C	P39959	443 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	RTR1	P40084	226 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	JJJ3	P47138	172 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	MAL11	P53048	616 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	MRPL50	P53724	139 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	FCP1	Q03254	732 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	RPN9	Q04062	393 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	ARP9	Q05123	467 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	THI22	Q06490	572 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	MLC2	Q06580	163 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	GPI13	Q07830	1017 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	LOT6	Q07923	191 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	YEH2	Q07950	538 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TAF10	Q12030	206 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	DAS2	Q12084	232 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	ATG29	Q12092	213 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	POM152	P39685	1337 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	CDC8	P00572	216 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	LPD1	P09624	499 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	HOM3	P10869	527 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	KSS1	P14681	368 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	PFK2	P16862	959 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.62	□□□□□ -1.67	not detected
PRP28	YDR243C	CKA2	P19454	339 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	SFL1	P20134	766 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	REC107	P21651	314 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	MRPL8	P22353	238 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	PUP1	P25043	261 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	LCB1	P25045	558 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	SWI4	P25302	1093 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	RSC6	P25632	483 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	KRE2	P27809	442 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	KRE6	P32486	720 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	YBL010C	P32788	280 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	TYS1	P36421	394 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	ALG14	P38242	237 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	YBR225W	P38321	900 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	SWC5	P38326	303 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	RTC3	P38804	111 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	SMF1	P38925	575 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	OAF1	P39720	1047 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	BNA3	P47039	444 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	ROM1	P53046	1155 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	ZIP2	P53061	704 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	ARC35	P53731	342 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	YNR063W	P53749	607 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	EGD1	Q02642	157 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
PRP28	YDR243C	GCN5	Q03330	439 aa		4.62	□□□□□ -1.67

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