RNA–Protein interactions for RNA: YLR093C

NYV1, Transcript of v-SNARE component of the vacuolar SNARE complex, yeast

Gene NYV1, Length 762 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
NYV1	YLR093C	GAD1	Q04792	585 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NYV1	YLR093C	HOF1	Q05080	669 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NYV1	YLR093C	MET7	Q08645	548 aa		4.63	□□□□□ -1.67
NYV1	YLR093C	BET3	P36149	193 aa		4.62	□□□□□ -1.67
NYV1	YLR093C	TIM54	P47045	478 aa		4.62	□□□□□ -1.67
NYV1	YLR093C	APM1	Q00776	475 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
NYV1	YLR093C	DIF1	O13577	133 aa		4.61	□□□□□ -1.67
NYV1	YLR093C	PYC1	P11154	1178 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
NYV1	YLR093C	NDC80	P40460	691 aa		4.61	□□□□□ -1.67
NYV1	YLR093C	SHR5	P41912	237 aa		4.61	□□□□□ -1.67
NYV1	YLR093C	SPC29	P33419	253 aa		4.6	□□□□□ -1.67
NYV1	YLR093C	FLC1	Q08967	793 aa		4.6	□□□□□ -1.67
NYV1	YLR093C	YKL033W-A	Q86ZR7	236 aa		4.6	□□□□□ -1.67
NYV1	YLR093C	RPN13	O13563	156 aa		4.59	□□□□□ -1.67
NYV1	YLR093C	BDH2	P39713	417 aa		4.59	□□□□□ -1.67
NYV1	YLR093C	ARG2	P40360	574 aa		4.59	□□□□□ -1.67
NYV1	YLR093C	YBP2	P53169	641 aa		4.59	□□□□□ -1.67
NYV1	YLR093C	AFT2	Q08957	416 aa		4.59	□□□□□ -1.67
NYV1	YLR093C	MDM10	P18409	493 aa		4.58	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	SPO11	P23179	398 aa		4.58	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	APL2	P36000	726 aa	Predicted RBP	4.58	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	YEL020C	P39994	560 aa		4.58	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	TY4A-J	P47023	414 aa		4.58	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	PRP31	P49704	494 aa	Predicted RBP	4.58	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	RTA1	P53047	317 aa		4.58	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	YDR338C	Q05497	695 aa		4.58	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	EMP70	P32802	667 aa		4.57	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	GLG1	P36143	616 aa		4.57	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	UBS1	P38290	277 aa		4.57	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	PAN2	P53010	1115 aa	Predicted RBP	4.57	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	CAN1	P04817	590 aa		4.56	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	PHR1	P05066	565 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.56	□□□□□ -1.68	not detected
NYV1	YLR093C	FMO1	P38866	432 aa		4.56	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	LYS9	P38999	446 aa		4.56	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	NUP60	P39705	539 aa		4.56	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	CTR1	P49573	406 aa		4.56	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	FHN1	P53279	174 aa		4.56	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	ARG5,6	Q01217	863 aa		4.56	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	CTK1	Q03957	528 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	THI7	Q05998	598 aa		4.56	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	MCM21	Q06675	368 aa		4.56	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	GAL11	P19659	1081 aa		4.55	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	ADE2	P21264	571 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	TRZ1	P36159	838 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	YHR112C	P38716	378 aa		4.55	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	RSP5	P39940	809 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	ALY2	P47029	1046 aa		4.55	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	MTL1	P53214	551 aa		4.55	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	ATG4	P53867	494 aa		4.55	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	MVD1	P32377	396 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	APT2	P36973	181 aa		4.54	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	SFB3	P38810	929 aa		4.54	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	HUL5	P53119	910 aa		4.54	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	ICT1	Q12385	394 aa		4.54	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	PER1	P25625	357 aa		4.53	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	HRB1	P38922	454 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.53	□□□□□ -1.68	not detected
NYV1	YLR093C	PAC2	P39937	518 aa		4.53	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	BNA2	P47125	453 aa		4.53	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	MRK1	P50873	501 aa		4.53	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	HMO1	Q03973	246 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	MRI1	Q06489	411 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	CLF1	Q12309	687 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
NYV1	YLR093C	PHO11	P35842	467 aa		4.52	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	PHO12	P38693	467 aa		4.52	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	ORC4	P54791	529 aa		4.52	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	HRP1	Q99383	534 aa	Known RBP	4.52	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	TMT1	P32643	299 aa		4.51	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	ORC2	P32833	620 aa		4.51	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	MTC2	P34246	357 aa		4.51	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	MIP6	P38760	659 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	MLH3	Q12083	715 aa		4.51	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	YLR149C	Q99296	730 aa		4.51	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	MCD4	P36051	919 aa		4.5	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	GID8	P40208	455 aa		4.5	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	THR1	P17423	357 aa	Known RBP	4.49	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	VPS34	P22543	875 aa		4.49	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	CCR4	P31384	837 aa	Known RBP	4.49	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	MUP3	P38734	546 aa		4.49	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	UBC9	P50623	157 aa	Predicted RBP	4.49	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	YAP7	Q08182	245 aa		4.49	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	ERG6	P25087	383 aa	Known RBP	4.48	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	CRP1	P38845	465 aa	Known RBP	4.48	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	GDH3	P39708	457 aa		4.48	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	GET2	P40056	285 aa		4.48	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	REC102	Q02721	264 aa		4.48	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	PEX1	P24004	1043 aa		4.47	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	YFL052W	P43551	465 aa		4.47	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	GLO1	P50107	326 aa		4.47	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	RGC1	Q06108	1083 aa	Known RBP	4.47	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	ZRT2	Q12436	422 aa		4.47	□□□□□ -1.69
NYV1	YLR093C	HOM2	P13663	365 aa	Known RBP	4.46	□□□□□ -1.7
NYV1	YLR093C	FUB1	P25659	250 aa		4.46	□□□□□ -1.7
NYV1	YLR093C	STO1	P34160	861 aa	Known RBP	4.46	□□□□□ -1.7
NYV1	YLR093C	CAF16	P43569	289 aa		4.46	□□□□□ -1.7
NYV1	YLR093C	MAL11	P53048	616 aa		4.46	□□□□□ -1.7
NYV1	YLR093C	SEC5	P89102	971 aa		4.46	□□□□□ -1.7
NYV1	YLR093C	SEG1	Q04279	960 aa		4.46	□□□□□ -1.7
NYV1	YLR093C	NSE3	Q05541	303 aa		4.46	□□□□□ -1.7
NYV1	YLR093C	OSW1	Q08692	278 aa		4.46	□□□□□ -1.7
NYV1	YLR093C	USV1	Q12132	391 aa		4.46	□□□□□ -1.7

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