Protein–RNA interactions for Protein: Q96RL7

VPS13A, Vacuolar protein sorting-associated protein 13A, humanhuman

Predictions only

Length 3,174 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS13AQ96RL7 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS13AQ96RL7 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS13AQ96RL7 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS13AQ96RL7 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS13AQ96RL7 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS13AQ96RL7 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS13AQ96RL7 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS13AQ96RL7 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS13AQ96RL7 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS13AQ96RL7 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS13AQ96RL7 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS13AQ96RL7 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS13AQ96RL7 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS13AQ96RL7 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS13AQ96RL7 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
VPS13AQ96RL7 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
VPS13AQ96RL7 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
VPS13AQ96RL7 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VPS13AQ96RL7 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC25.64■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS13AQ96RL7 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.68
VPS13AQ96RL7 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS13AQ96RL7 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS13AQ96RL7 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS13AQ96RL7 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.6 ms