Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.11
CCDC54Q8NEL0 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC54Q8NEL0 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC54Q8NEL0 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms