Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SDC1P18827 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SDC1P18827 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SDC1P18827 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SDC1P18827 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SDC1P18827 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SDC1P18827 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SDC1P18827 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SDC1P18827 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SDC1P18827 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SDC1P18827 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SDC1P18827 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SDC1P18827 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SDC1P18827 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SDC1P18827 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SDC1P18827 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SDC1P18827 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SDC1P18827 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
SDC1P18827 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
SDC1P18827 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SDC1P18827 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SDC1P18827 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SDC1P18827 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SDC1P18827 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SDC1P18827 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SDC1P18827 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SDC1P18827 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
SDC1P18827 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SDC1P18827 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SDC1P18827 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SDC1P18827 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SDC1P18827 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SDC1P18827 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SDC1P18827 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SDC1P18827 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SDC1P18827 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SDC1P18827 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SDC1P18827 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SDC1P18827 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SDC1P18827 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SDC1P18827 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.46
SDC1P18827 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
SDC1P18827 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SDC1P18827 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SDC1P18827 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SDC1P18827 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SDC1P18827 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SDC1P18827 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SDC1P18827 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SDC1P18827 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SDC1P18827 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SDC1P18827 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SDC1P18827 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SDC1P18827 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SDC1P18827 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SDC1P18827 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SDC1P18827 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SDC1P18827 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SDC1P18827 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SDC1P18827 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SDC1P18827 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SDC1P18827 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SDC1P18827 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SDC1P18827 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SDC1P18827 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SDC1P18827 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SDC1P18827 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SDC1P18827 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SDC1P18827 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SDC1P18827 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.44
SDC1P18827 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.44
SDC1P18827 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
SDC1P18827 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SDC1P18827 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SDC1P18827 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SDC1P18827 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SDC1P18827 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
SDC1P18827 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SDC1P18827 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SDC1P18827 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SDC1P18827 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SDC1P18827 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SDC1P18827 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SDC1P18827 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SDC1P18827 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SDC1P18827 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SDC1P18827 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SDC1P18827 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SDC1P18827 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SDC1P18827 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SDC1P18827 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SDC1P18827 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SDC1P18827 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SDC1P18827 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SDC1P18827 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SDC1P18827 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SDC1P18827 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SDC1P18827 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SDC1P18827 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SDC1P18827 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms