Protein–RNA interactions for Protein: Q86UA1

PRPF39, Pre-mRNA-processing factor 39, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF39Q86UA1 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
PRPF39Q86UA1 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
PRPF39Q86UA1 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
PRPF39Q86UA1 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
PRPF39Q86UA1 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
PRPF39Q86UA1 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
PRPF39Q86UA1 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
PRPF39Q86UA1 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
PRPF39Q86UA1 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
PRPF39Q86UA1 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
PRPF39Q86UA1 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
PRPF39Q86UA1 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
PRPF39Q86UA1 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
PRPF39Q86UA1 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
PRPF39Q86UA1 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
PRPF39Q86UA1 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
PRPF39Q86UA1 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
PRPF39Q86UA1 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
PRPF39Q86UA1 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
PRPF39Q86UA1 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.83
PRPF39Q86UA1 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
PRPF39Q86UA1 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
PRPF39Q86UA1 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
PRPF39Q86UA1 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
PRPF39Q86UA1 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
PRPF39Q86UA1 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
PRPF39Q86UA1 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
PRPF39Q86UA1 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
PRPF39Q86UA1 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
PRPF39Q86UA1 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
PRPF39Q86UA1 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
PRPF39Q86UA1 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
PRPF39Q86UA1 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
PRPF39Q86UA1 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
PRPF39Q86UA1 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
PRPF39Q86UA1 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
PRPF39Q86UA1 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC26.4■■□□□ 1.82
PRPF39Q86UA1 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
PRPF39Q86UA1 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
PRPF39Q86UA1 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
PRPF39Q86UA1 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
PRPF39Q86UA1 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
PRPF39Q86UA1 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
PRPF39Q86UA1 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
PRPF39Q86UA1 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
PRPF39Q86UA1 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
PRPF39Q86UA1 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
PRPF39Q86UA1 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
PRPF39Q86UA1 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
PRPF39Q86UA1 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
PRPF39Q86UA1 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
PRPF39Q86UA1 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
PRPF39Q86UA1 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
PRPF39Q86UA1 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
PRPF39Q86UA1 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
PRPF39Q86UA1 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC26.3■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC26.28■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC26.28■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC26.27■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
PRPF39Q86UA1 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
PRPF39Q86UA1 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
PRPF39Q86UA1 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
PRPF39Q86UA1 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
PRPF39Q86UA1 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
PRPF39Q86UA1 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
PRPF39Q86UA1 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
PRPF39Q86UA1 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
PRPF39Q86UA1 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
PRPF39Q86UA1 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
PRPF39Q86UA1 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
PRPF39Q86UA1 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
PRPF39Q86UA1 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
PRPF39Q86UA1 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
PRPF39Q86UA1 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
PRPF39Q86UA1 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
PRPF39Q86UA1 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
PRPF39Q86UA1 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
PRPF39Q86UA1 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
PRPF39Q86UA1 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.5 ms