Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS39Q96JC1 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS39Q96JC1 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS39Q96JC1 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS39Q96JC1 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS39Q96JC1 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS39Q96JC1 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS39Q96JC1 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS39Q96JC1 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS39Q96JC1 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS39Q96JC1 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS39Q96JC1 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS39Q96JC1 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS39Q96JC1 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS39Q96JC1 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS39Q96JC1 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS39Q96JC1 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS39Q96JC1 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS39Q96JC1 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS39Q96JC1 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS39Q96JC1 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
VPS39Q96JC1 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS39Q96JC1 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS39Q96JC1 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS39Q96JC1 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS39Q96JC1 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS39Q96JC1 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS39Q96JC1 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS39Q96JC1 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS39Q96JC1 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS39Q96JC1 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS39Q96JC1 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS39Q96JC1 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS39Q96JC1 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS39Q96JC1 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS39Q96JC1 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS39Q96JC1 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VPS39Q96JC1 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VPS39Q96JC1 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
VPS39Q96JC1 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
VPS39Q96JC1 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC25.63■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms