Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COPB1P53618 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COPB1P53618 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COPB1P53618 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COPB1P53618 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COPB1P53618 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COPB1P53618 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COPB1P53618 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COPB1P53618 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COPB1P53618 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COPB1P53618 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COPB1P53618 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COPB1P53618 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COPB1P53618 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COPB1P53618 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COPB1P53618 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COPB1P53618 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COPB1P53618 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COPB1P53618 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COPB1P53618 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COPB1P53618 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COPB1P53618 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
COPB1P53618 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COPB1P53618 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
COPB1P53618 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
COPB1P53618 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.1
COPB1P53618 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
COPB1P53618 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
COPB1P53618 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
COPB1P53618 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
COPB1P53618 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
COPB1P53618 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
COPB1P53618 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
COPB1P53618 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
COPB1P53618 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
COPB1P53618 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
COPB1P53618 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
COPB1P53618 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
COPB1P53618 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
COPB1P53618 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
COPB1P53618 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
COPB1P53618 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
COPB1P53618 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
COPB1P53618 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
COPB1P53618 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
COPB1P53618 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
COPB1P53618 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COPB1P53618 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COPB1P53618 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COPB1P53618 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COPB1P53618 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COPB1P53618 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COPB1P53618 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COPB1P53618 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COPB1P53618 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COPB1P53618 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COPB1P53618 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COPB1P53618 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COPB1P53618 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COPB1P53618 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COPB1P53618 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COPB1P53618 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COPB1P53618 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COPB1P53618 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COPB1P53618 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COPB1P53618 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COPB1P53618 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COPB1P53618 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COPB1P53618 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COPB1P53618 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COPB1P53618 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COPB1P53618 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.6 ms