Protein–RNA interactions for Protein: A2RU48

SMCO3, Single-pass membrane and coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 225 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMCO3A2RU48 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 SLK-201ENST00000335753 7673 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 DIDO1-207ENST00000395343 8477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 CHRNB2-201ENST00000368476 5867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
SMCO3A2RU48 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 185.2 ms