Protein–RNA interactions for Protein: A2RU48

SMCO3, Single-pass membrane and coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 225 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMCO3A2RU48 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SMCO3A2RU48 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SMCO3A2RU48 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.3 ms