Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SDC1P18827 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SDC1P18827 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
SDC1P18827 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
SDC1P18827 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SDC1P18827 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SDC1P18827 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SDC1P18827 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
SDC1P18827 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SDC1P18827 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SDC1P18827 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SDC1P18827 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SDC1P18827 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
SDC1P18827 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SDC1P18827 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SDC1P18827 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SDC1P18827 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SDC1P18827 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
SDC1P18827 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
SDC1P18827 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
SDC1P18827 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SDC1P18827 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SDC1P18827 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SDC1P18827 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
SDC1P18827 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
SDC1P18827 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
SDC1P18827 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
SDC1P18827 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SDC1P18827 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
SDC1P18827 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
SDC1P18827 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
SDC1P18827 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
SDC1P18827 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
SDC1P18827 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
SDC1P18827 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SDC1P18827 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
SDC1P18827 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
SDC1P18827 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SDC1P18827 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SDC1P18827 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SDC1P18827 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SDC1P18827 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
SDC1P18827 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
SDC1P18827 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SDC1P18827 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SDC1P18827 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SDC1P18827 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SDC1P18827 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SDC1P18827 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SDC1P18827 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SDC1P18827 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
SDC1P18827 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SDC1P18827 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SDC1P18827 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
SDC1P18827 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SDC1P18827 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
SDC1P18827 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SDC1P18827 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
SDC1P18827 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
SDC1P18827 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SDC1P18827 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SDC1P18827 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
SDC1P18827 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SDC1P18827 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SDC1P18827 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SDC1P18827 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SDC1P18827 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
SDC1P18827 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
SDC1P18827 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
SDC1P18827 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
SDC1P18827 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
SDC1P18827 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SDC1P18827 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SDC1P18827 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
SDC1P18827 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
SDC1P18827 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
SDC1P18827 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
SDC1P18827 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
SDC1P18827 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SDC1P18827 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SDC1P18827 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SDC1P18827 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SDC1P18827 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
SDC1P18827 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SDC1P18827 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SDC1P18827 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SDC1P18827 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SDC1P18827 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SDC1P18827 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SDC1P18827 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SDC1P18827 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SDC1P18827 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SDC1P18827 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SDC1P18827 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SDC1P18827 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SDC1P18827 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
SDC1P18827 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
SDC1P18827 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
SDC1P18827 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SDC1P18827 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.1 ms