Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
DDX28Q9NUL7 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
DDX28Q9NUL7 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
DDX28Q9NUL7 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
DDX28Q9NUL7 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
DDX28Q9NUL7 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
DDX28Q9NUL7 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
DDX28Q9NUL7 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
DDX28Q9NUL7 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
DDX28Q9NUL7 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
DDX28Q9NUL7 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
DDX28Q9NUL7 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
DDX28Q9NUL7 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
DDX28Q9NUL7 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
DDX28Q9NUL7 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
DDX28Q9NUL7 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
DDX28Q9NUL7 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
DDX28Q9NUL7 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
DDX28Q9NUL7 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
DDX28Q9NUL7 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
DDX28Q9NUL7 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
DDX28Q9NUL7 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
DDX28Q9NUL7 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC20.2■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC20.2■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC20.17■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
DDX28Q9NUL7 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.8 ms