Protein–RNA interactions for Protein: Q15843

NEDD8, NEDD8, humanhuman

Predictions only

Length 81 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NEDD8Q15843 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC20.44■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC20.44■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC20.41■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
NEDD8Q15843 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
NEDD8Q15843 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
NEDD8Q15843 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
NEDD8Q15843 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
NEDD8Q15843 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
NEDD8Q15843 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
NEDD8Q15843 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
NEDD8Q15843 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
NEDD8Q15843 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
NEDD8Q15843 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
NEDD8Q15843 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
NEDD8Q15843 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
NEDD8Q15843 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.1 ms