Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
COPB1P53618 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COPB1P53618 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COPB1P53618 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COPB1P53618 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COPB1P53618 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
COPB1P53618 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COPB1P53618 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COPB1P53618 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COPB1P53618 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COPB1P53618 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COPB1P53618 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COPB1P53618 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COPB1P53618 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COPB1P53618 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COPB1P53618 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COPB1P53618 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COPB1P53618 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COPB1P53618 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COPB1P53618 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COPB1P53618 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COPB1P53618 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COPB1P53618 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COPB1P53618 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COPB1P53618 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COPB1P53618 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COPB1P53618 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COPB1P53618 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COPB1P53618 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COPB1P53618 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COPB1P53618 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COPB1P53618 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COPB1P53618 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COPB1P53618 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COPB1P53618 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COPB1P53618 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COPB1P53618 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
COPB1P53618 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COPB1P53618 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COPB1P53618 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COPB1P53618 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COPB1P53618 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COPB1P53618 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COPB1P53618 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COPB1P53618 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COPB1P53618 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
COPB1P53618 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COPB1P53618 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COPB1P53618 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COPB1P53618 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COPB1P53618 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COPB1P53618 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COPB1P53618 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COPB1P53618 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COPB1P53618 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COPB1P53618 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COPB1P53618 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
COPB1P53618 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COPB1P53618 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COPB1P53618 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COPB1P53618 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COPB1P53618 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COPB1P53618 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COPB1P53618 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COPB1P53618 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COPB1P53618 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COPB1P53618 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COPB1P53618 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COPB1P53618 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COPB1P53618 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
COPB1P53618 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COPB1P53618 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COPB1P53618 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COPB1P53618 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COPB1P53618 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COPB1P53618 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COPB1P53618 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COPB1P53618 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COPB1P53618 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COPB1P53618 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COPB1P53618 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COPB1P53618 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COPB1P53618 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COPB1P53618 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COPB1P53618 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COPB1P53618 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COPB1P53618 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COPB1P53618 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COPB1P53618 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COPB1P53618 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COPB1P53618 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COPB1P53618 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
COPB1P53618 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
COPB1P53618 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COPB1P53618 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COPB1P53618 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
COPB1P53618 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
COPB1P53618 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
COPB1P53618 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
COPB1P53618 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.7 ms