Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC20.36■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC20.33■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
DDX28Q9NUL7 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms