Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SYNE4Q8N205 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SYNE4Q8N205 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SYNE4Q8N205 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SYNE4Q8N205 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SYNE4Q8N205 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SYNE4Q8N205 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SYNE4Q8N205 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SYNE4Q8N205 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNE4Q8N205 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 110.5 ms