Protein–RNA interactions for Protein: P62684

HERVK_113, Endogenous retrovirus group K member 113 Gag polyprotein, humanhuman

Predictions only

Length 666 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERVK_113P62684 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC26.31■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
HERVK_113P62684 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC26.21■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC26.21■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
HERVK_113P62684 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HERVK_113P62684 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HERVK_113P62684 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HERVK_113P62684 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HERVK_113P62684 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
HERVK_113P62684 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HERVK_113P62684 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HERVK_113P62684 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.7 ms