Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
PTPN4P29074 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC22.57■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC22.57■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC22.57■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
PTPN4P29074 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.8 ms