Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZN17

LIN28B, Protein lin-28 homolog B, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 250 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIN28BQ6ZN17 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.176e-12■■■■■ 38.3
LIN28BQ6ZN17 SIN3A-202ENST00000394947 6737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.586e-12■■■■■ 38.3
LIN28BQ6ZN17 SIN3A-201ENST00000360439 5050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.84□□□□□ -0.836e-12■■■■■ 38.3
LIN28BQ6ZN17 SIN3A-213ENST00000570021 600 ntTSL 35.79□□□□□ -1.486e-12■■■■■ 38.3
LIN28BQ6ZN17 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC28.82■■■□□ 2.25e-11■■■■■ 38.2
LIN28BQ6ZN17 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.955e-11■■■■■ 38.2
LIN28BQ6ZN17 STARD10-212ENST00000538437 747 ntTSL 220.92■□□□□ 0.945e-11■■■■■ 38.2
LIN28BQ6ZN17 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.845e-11■■■■■ 38.2
LIN28BQ6ZN17 STARD10-217ENST00000543089 506 ntTSL 1 (best)19.43■□□□□ 0.75e-11■■■■■ 38.2
LIN28BQ6ZN17 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.595e-11■■■■■ 38.2
LIN28BQ6ZN17 STARD10-204ENST00000535075 526 ntTSL 218.36■□□□□ 0.535e-11■■■■■ 38.2
LIN28BQ6ZN17 STARD10-219ENST00000544767 509 ntTSL 317.66■□□□□ 0.425e-11■■■■■ 38.2
LIN28BQ6ZN17 STARD10-209ENST00000537351 426 ntTSL 39.21□□□□□ -0.945e-11■■■■■ 38.2
LIN28BQ6ZN17 DOCK5-201ENST00000276440 10075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.52□□□□□ -1.211e-9■■■■■ 38.2
LIN28BQ6ZN17 DOCK5-203ENST00000444569 5335 ntTSL 57.14□□□□□ -1.271e-9■■■■■ 38.2
LIN28BQ6ZN17 DOCK5-205ENST00000467709 4844 ntTSL 56.94□□□□□ -1.31e-9■■■■■ 38.2
LIN28BQ6ZN17 PGPEP1-207ENST00000597663 363 ntTSL 317.45■□□□□ 0.382e-10■■■■■ 38.2
LIN28BQ6ZN17 PGPEP1-204ENST00000595552 418 ntTSL 212.12□□□□□ -0.472e-10■■■■■ 38.2
LIN28BQ6ZN17 PGPEP1-202ENST00000269919 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.722e-10■■■■■ 38.2
LIN28BQ6ZN17 EIF4A2-201ENST00000323963 1919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.41□□□□□ -0.746e-10■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 EIF4A2-207ENST00000443963 1729 ntTSL 1 (best)7.46□□□□□ -1.226e-10■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 EIF4A2-218ENST00000475653 909 ntTSL 27.43□□□□□ -1.226e-10■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 EIF4A2-204ENST00000429589 1005 ntTSL 57.25□□□□□ -1.256e-10■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 EIF4A2-203ENST00000426808 1751 ntTSL 1 (best)6.85□□□□□ -1.316e-10■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 EIF4A2-205ENST00000440191 1889 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC6.53□□□□□ -1.366e-10■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 EIF4A2-202ENST00000425053 1977 ntTSL 55.69□□□□□ -1.56e-10■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 EIF4A2-219ENST00000485101 5327 ntTSL 54□□□□□ -1.776e-10■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.838e-9■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.788e-9■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 LIMS1-208ENST00000428064 637 ntTSL 224.05■■□□□ 1.446e-12■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 LIMS1-201ENST00000332345 1235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.096e-12■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 LIMS1-205ENST00000410093 1526 ntTSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.236e-12■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 LIMS1-215ENST00000544547 4461 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.296e-12■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 LIMS1-203ENST00000393310 4392 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.54□□□□□ -1.046e-12■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 IGFL2-AS1-205ENST00000599817 340 ntTSL 212.09□□□□□ -0.471e-8■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 IGFL2-AS1-203ENST00000598518 1037 ntTSL 1 (best) BASIC11.98□□□□□ -0.491e-8■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 IGFL2-AS1-201ENST00000594027 294 ntTSL 311.89□□□□□ -0.511e-8■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.15e-9■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 DYM-201ENST00000269445 5049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.145e-9■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 DYM-215ENST00000583225 564 ntTSL 413.58□□□□□ -0.245e-9■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 DYM-210ENST00000580615 558 ntTSL 410.74□□□□□ -0.695e-9■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 DYM-217ENST00000583280 568 ntTSL 49.57□□□□□ -0.885e-9■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 DYM-220ENST00000584983 568 ntTSL 59.17□□□□□ -0.945e-9■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 DYM-202ENST00000418472 961 ntTSL 58.83□□□□□ -15e-9■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 DYM-212ENST00000581738 566 ntTSL 38.5□□□□□ -1.055e-9■■■■■ 38.1
LIN28BQ6ZN17 SPRY2-201ENST00000377102 2708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.174e-12■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 SPRY2-202ENST00000377104 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.41□□□□□ -0.584e-12■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 IARS-204ENST00000430417 414 ntTSL 35.8□□□□□ -1.483e-14■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 NF1-215ENST00000493220 5691 ntTSL 26.46□□□□□ -1.382e-8■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 SMARCC2-210ENST00000550519 789 ntTSL 325.06■■□□□ 1.65e-10■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.665e-10■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.585e-10■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.415e-10■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 AC073896.4-201ENST00000553176 403 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.025e-10■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 SMARCC2-208ENST00000550150 3244 ntTSL 210.47□□□□□ -0.735e-10■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 SMARCC2-209ENST00000550164 4114 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.64□□□□□ -0.875e-10■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 SMARCC2-214ENST00000552674 3730 ntTSL 28.9□□□□□ -0.985e-10■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 SMARCC2-213ENST00000552627 409 ntTSL 36.18□□□□□ -1.425e-10■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 SMARCC2-207ENST00000549757 1062 ntTSL 55.84□□□□□ -1.475e-10■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 SMARCC2-211ENST00000550859 656 ntTSL 34.42□□□□□ -1.75e-10■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.114e-15■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 NCKIPSD-203ENST00000415281 803 ntTSL 314.38□□□□□ -0.114e-15■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 NCKIPSD-204ENST00000416649 2925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.174e-15■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.131e-9■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.041e-9■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 UBL5-206ENST00000589960 307 ntTSL 320.68■□□□□ 0.91e-9■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 UBL5-205ENST00000589372 1450 ntTSL 220.37■□□□□ 0.851e-9■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 UBL5-208ENST00000593087 320 ntTSL 3 BASIC16.82■□□□□ 0.281e-9■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 UBL5-207ENST00000590068 390 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.68□□□□□ -1.51e-9■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 HDLBP-239ENST00000483086 620 ntTSL 313.79□□□□□ -0.22e-12■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 EIF4A2-213ENST00000465792 734 ntTSL 23.6□□□□□ -1.833e-10■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 OTX1-202ENST00000366671 2861 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15□□□□□ -0.019e-12■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 OTX1-201ENST00000282549 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.019e-12■■■■■ 38
LIN28BQ6ZN17 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.621e-8■■■■■ 37.9
LIN28BQ6ZN17 C6orf106-201ENST00000374021 916 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC8.23□□□□□ -1.091e-15■■■■■ 37.9
LIN28BQ6ZN17 RPL10-207ENST00000436473 657 ntTSL 212.97□□□□□ -0.336e-27■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 PAM-206ENST00000438793 5432 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.142e-7■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 PAM-201ENST00000304400 3156 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.282e-7■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 PAM-207ENST00000455264 2898 ntTSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.282e-7■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 PAM-204ENST00000348126 3622 ntTSL 1 (best) BASIC12.57□□□□□ -0.42e-7■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 PAM-202ENST00000345721 3684 ntTSL 212.38□□□□□ -0.432e-7■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 PAM-203ENST00000346918 3302 ntTSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.52e-7■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 PAM-205ENST00000379799 2567 ntTSL 56.34□□□□□ -1.392e-7■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 CFAP20-204ENST00000564150 481 ntTSL 25.61□□□□□ -1.516e-12■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 CFAP20-202ENST00000562443 276 ntTSL 50.19□□□□□ -2.386e-12■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 SNX17-203ENST00000440760 1955 ntTSL 1 (best)20.17■□□□□ 0.824e-9■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.754e-9■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 SNX17-202ENST00000427123 2007 ntTSL 219.18■□□□□ 0.664e-9■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 SNX17-209ENST00000494893 966 ntTSL 219.16■□□□□ 0.664e-9■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.454e-9■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 SNX17-204ENST00000453453 1638 ntTSL 1 (best)16.75■□□□□ 0.274e-9■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 SNX17-208ENST00000493711 583 ntTSL 313.45□□□□□ -0.264e-9■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 IGF1R-215ENST00000560432 657 ntTSL 315.01□□□□□ -0.014e-13■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 IGF1R-210ENST00000559925 2280 ntTSL 1 (best)14.43□□□□□ -0.14e-13■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 IGF1R-207ENST00000558898 1034 ntTSL 514.29□□□□□ -0.124e-13■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 IGF1R-212ENST00000560186 551 ntTSL 414.25□□□□□ -0.134e-13■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 IGF1R-204ENST00000558355 572 ntTSL 212.69□□□□□ -0.384e-13■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 IGF1R-202ENST00000557873 583 ntTSL 312.06□□□□□ -0.484e-13■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 IGF1R-203ENST00000557938 574 ntTSL 411.24□□□□□ -0.614e-13■■■■■ 37.8
LIN28BQ6ZN17 IGF1R-213ENST00000560277 526 ntTSL 410.38□□□□□ -0.754e-13■■■■■ 37.8
Retrieved 100 of 21,972 protein–RNA pairs in 176.8 ms