Protein–RNA interactions for Protein: Q96MR9

ZNF560, Zinc finger protein 560, humanhuman

Predictions only

Length 790 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF560Q96MR9 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC24.66■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC24.64■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC24.64■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
ZNF560Q96MR9 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC24.63■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC24.62■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ZNF560Q96MR9 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
ZNF560Q96MR9 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC24.58■■□□□ 1.52
ZNF560Q96MR9 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
ZNF560Q96MR9 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
ZNF560Q96MR9 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.7 ms