Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CPSF3Q9UKF6 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.9 ms