Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC23.04■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC23.03■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC23■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC23■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
PTPN4P29074 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
PTPN4P29074 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
PTPN4P29074 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
PTPN4P29074 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.1 ms