Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VMP1Q96GC9 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC22■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VMP1Q96GC9 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.3 ms