Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
PTPN4P29074 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
PTPN4P29074 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.1 ms