Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
HOXD4P09016 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 1749.2 ms