Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.88■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC29.88■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.88■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC29.87■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC29.87■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC29.87■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.85■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC29.84■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.84■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC29.84■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC29.84■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC29.84■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC29.84■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC29.83■■■□□ 2.37
CHMP4AQ9BY43 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC29.82■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.82■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC29.82■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.82■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC29.82■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.81■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC29.8■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC29.79■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC29.79■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.78■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC29.78■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC29.77■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC29.77■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC29.77■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC29.76■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.76■■■□□ 2.36
CHMP4AQ9BY43 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
CHMP4AQ9BY43 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
CHMP4AQ9BY43 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
CHMP4AQ9BY43 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC29.76■■■□□ 2.35
CHMP4AQ9BY43 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC29.76■■■□□ 2.35
CHMP4AQ9BY43 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.76■■■□□ 2.35
CHMP4AQ9BY43 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC29.76■■■□□ 2.35
CHMP4AQ9BY43 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
CHMP4AQ9BY43 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CHMP4AQ9BY43 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC29.75■■■□□ 2.35
CHMP4AQ9BY43 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC29.75■■■□□ 2.35
CHMP4AQ9BY43 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
CHMP4AQ9BY43 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CHMP4AQ9BY43 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
CHMP4AQ9BY43 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
CHMP4AQ9BY43 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms