Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC29.37■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC29.36■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC29.36■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC29.36■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC29.33■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
CHMP3Q9Y3E7 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC29.26■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC29.26■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC29.25■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC29.22■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
CHMP3Q9Y3E7 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 240.2 ms