Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.11■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC30.09■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC30.09■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC30.09■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC30.09■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC30.08■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.08■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC30.06■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC30.05■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC30.04■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC30.04■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC30.03■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC30.03■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC30.02■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC30.02■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
CHMP4AQ9BY43 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC30.01■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC30.01■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC30.01■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC30■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC29.96■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.39
CHMP4AQ9BY43 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC29.94■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC29.94■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC29.94■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC29.92■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC29.92■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CHMP4AQ9BY43 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.4 ms