Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z6J8

UBE3D, E3 ubiquitin-protein ligase E3D, humanhuman

Predictions only

Length 389 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UBE3DQ7Z6J8 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
UBE3DQ7Z6J8 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.7 ms