Protein–RNA interactions for Protein: Q99250

SCN2A, Sodium channel protein type 2 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,005 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN2AQ99250 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SCN2AQ99250 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN2AQ99250 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.1 ms