Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9F5

TRIM40, Tripartite motif-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 258 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM40Q6P9F5 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
TRIM40Q6P9F5 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM40Q6P9F5 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.7 ms