Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CPSF3Q9UKF6 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC26■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
CPSF3Q9UKF6 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CPSF3Q9UKF6 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.9 ms