Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
LHX3Q9UBR4 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
LHX3Q9UBR4 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.1 ms