Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXD4P09016 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXD4P09016 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.6 ms