Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC30.08■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC30.08■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC30.07■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC30.06■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC30.06■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC30.05■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC30.04■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC30.03■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC30.03■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.02■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.4
CHMP3Q9Y3E7 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC30.01■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC30■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC29.99■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC29.97■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC29.96■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
CHMP3Q9Y3E7 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC29.94■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.94■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC29.91■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC29.91■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.7 ms