Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

Predictions only

Length 179 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
HDDC3Q8N4P3 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HDDC3Q8N4P3 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.9 ms